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L'attributo "in Via", può esserle venuto dalla vicinanza della Flaminia, alla quale si affacciava, per mancanza di edifici intermedi, oppure dalla strada antica, selciata con i poligoni romani di lava basaltina, trovata a 6 o 7 m di profondità alla destra della chiesa, che si dirigeva verso il Pincio. Ma l'appellativo potrebbe anche provenire da Santa Maria in Vinea, come era precedentemente chiamato il tempio.
Nel 1205, la chiesa fu istituita parrocchia, dipendente da quella di San Marcello al Corso.
Nel 1256, nel sito attuale, si trovava la villa del cardinale Pietro Capocci (1200-1259), con annesse stalle ed un pozzo.
Si narra che, da questo pozzo, l´acqua fuoriuscendo portò a galla una lapide silicea sulla quale era dipinta l´immagine della Madonna.
Il cardinale, avvertito, la prese dalle acque, che tornarono subito al loro livello naturale.
Il miracolo ebbe grande risonanza, ed il cardinale, con il beneplacito del regnante papa Alessandro IV (Rinaldo di Jenne – 1254-1261), fece edificare una cappella dedicata alla Madonna, dipendente dalla chiesa primitiva, direttamente sopra il pozzo miracoloso, una pietra del quale, si disse allora, provenisse da quello della Samaritana (Giovanni, 4,4).
Tra il 1491 e il 1513, per volere di Innocenzo VIII (Giovanni Battista Cybo – 1484-1492) fu costruita una nuova chiesa che incamerò la Cappella del Pozzo.
Alla fine dei lavori (1513), papa Leone X (Giovanni de´ Medici – 1513-1521) affidò la chiesa ai padri Serviti, che la detengono tuttora.
I padri Serviti, vollero riorganizzare il complesso, con l’edificazione di un convento (1585-1590) e, poi, la ricostruzione della chiesa (1592-1681).
Per la riedificazione di quest´ultima, grazie alla munificenza del cardinale Alberto Bolognetti (1538-1585) ed alla benevolenza del cardinale titolare Roberto Bellarmino (cardinale dal 1599), incaricarono Giacomo della Porta (1532-1602), seguito da Francesco Capriani da Volterra (1535-1594) e quindi da Carlo Francesco Lambardi (1545-1619), parrocchiano sepolto nella chiesa (vedi lapidi), che terminò l´opera (1609).
La facciata, iniziata da Francesco Capriani da Volterra (1535-1594), fu terminata da Carlo Rainaldi (1611-1691) solo nel 1681.
Nel 1576, viene fondata la Confraternita del Santissimo Sacramento, legata alla chiesa, che si dotò, tra il 1576 e il 1596, di un Oratorio, tuttora esistente, subito dietro la chiesa, in Piazza Poli (vedi – Trevi).
Nel 1897, in seguito alla realizzazione di Via del Tritone, la chiesa subì un ulteriore restauro teso a modificare la sua fiancata lungo la nuova via.
Il convento fu demolito nel 1930. Al suo posto, su via di S. Maria in Via, è stato costruito il palazzo dei telefoni di Stato, oggi Telecom.
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