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Nel 1507, Giulio II (Giuliano Della Rovere – 1503-1519) affidò la chiesa ed il convento ai Domenicani della Congregazione di San Marco di Firenze, i quali affluirono numerosi, portando con se idee di una Chiesa ispirata alle sue origini, di stampo savonaroliano e antimediceo.
Esponente di spicco di questa corrente fra Mariano Fetti (1460-1531), correntemente conosciuto come il “buffone del papa”, ma che attraverso una operazione adulatoria della casa medicea (divenne un personaggio tra i più influenti della corte di papa Leone X), tese a riconciliare la purezza delle origini con il corrente costume rilassato della corte papale, propagando l’esaltazione della figura e delle idee nella Chiesa di cui si era fatta portatrice Santa Caterina da Siena (1347-1380).
Nel 1524, frate Mariano ottenne da Clemente VII (Giulio de´ Medici – 1523-1534) la ricostruzione della chiesa, della quale si occupò in prima persona. Il monaco realizzò una costruzione quadrilatera, con al centro il chiostro, contenente il monastero su tre lati e la chiesa lungo tutto il lato Sud.
La continuità dello sforzo riformatore, dall’interno della Chiesa, di frate Mariano, fu frate Ambrogio Catarino Politi da Siena (1484-1553), che, intorno al 1530, animò un cenacolo di incontri filosofici, aperto anche a personalità laiche della Roma intellettuale, quali Vittoria Colonna (1490-1547), Giulio Clovio, (1498-1578), Baccio Bandinelli (1488-1560), Perin del Vaga (1501-1547), Sebastiano del Piombo (1485-1547), Valerio Belli (1470-1546), detto il Vicentino , Francesco de Hollanda (1517-1585) e Michelangelo Buonarroti (1475-1564).
Nel 1540, ai Domenicani, che passarono a Santa Maria sopra Minerva, subentrarono i padri Teatini che ne fecero il loro noviziato, che prosperò fino all’avvento della Repubblica Romano-napoleonica (1798-1799), quando ne furono scacciati dalle truppe francesi, che devastarono chiesa e convento.
Nel 1801, il complesso assai deteriorato fu concesso ad una congregazione catechistica detta “Società della Fede di Gesù”, fondata da Niccolò Paccanari (1786-1811) che aveva voluto riprodurre la “Compagnia di Gesù” (Gesuiti) disciolta dal 1773 al 1814. Nel 1814 i “Paccanaristi” si sciolsero per confluire nella “Compagnia di Gesù” ricostituita da Pio VII (Barnaba Niccolò Chiaromonti - 1800-1823).
I “Paccanarini” furono sostituiti dall’Ordine Missionario di San Vincenzo di Paola che, sotto Pio VII (Barnaba Niccolò Chiaromonti – 1800-1823) e poi sotto Leone XII (Annibale Clemente della Genga – 1823-1829), si incaricò di riportare il complesso in condizioni ottimali al fine di ospitarvi il loro noviziato.
Nel 1870, il convento fu requisito per ospitare la sede della direzione del Genio Militare e la chiesa fu lasciata al clero secolare.
La realizzazione di via XXIV Maggio e di Via Nazionale, nel 1877, comportò, per la chiesa, il taglio delle due ultime cappelle laterali, a causa dell’allargamento della strada, e un dislivello di nove metri tra il nuovo livello stradale e l’ex ingresso della chiesa.
L’architetto Andrea Busiri Vici (1818-1911) fu incaricato di rifare la facciata della chiesa, con una finta entrata, e di aprirne una nuova laterale che, attraverso una scala, superasse i nove metri e permettesse l’ingresso in chiesa, che, da questo momento ritorna alla cura dell’ordine Missionario di San Vincenzo di Paola.
Vi ha anche sede l’Ordine dei Cavalieri di San Martino del Monte delle Beatitudini.
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