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Come per la chiesa dirimpettaia, Santa Apollonia, oramai distrutta, anche accanto alla nostra chiesa fu fondato un monastero di terziarie francescane, all’inizio del XVI secolo, che, non essendo legate da voti, erano chiamate “bizzoche”. Alessandro VII (Fabio Chigi – 1655-1667) ne approvò la costituzione. In quel periodo la chiesa prese il nome di Sant’Elisabetta (d’Ungheria – 1207-1231) anche lei terziaria francescana. Alla fine del XVI secolo, la gerarchia ecclesiastica, a seguito di vari scandali nati in questo tipo di comunità, impose la clausura.
Nel 1564, Giulia Gonzaga Colonna (1513-1566) finanziò l’ampliamento del convento e la ricostruzione della piccola chiesa. Nel 1572, il convento fu consegnato alle suore Domenicane.
Nel 1678, crollò la copertura del coro e nel 1680, il cardinale Girolamo Gastaldi (1616-1685) fece costruire una nuova chiesa più grande, a una sola navata absidata, con tre cappelle per lato, rivolta su piazza Apollonia, ad opera dell’architetto Carlo Fontana (1638-1714), con la dedica a “Santa Margherita (questa volta di Antiochia – 175-190) ed a San Remigio, vescovo” (437-533).
Il convento, saccheggiato dall’occupazione francese del 1798, restò disabitato fino alla fine del secolo.
Nel 1814, dopo la restaurazione del potere papale, il complesso fu affidato alla Confraternita di Sant’Emidio (273-c.306).
Nel XIX secolo il convento fu convertito in case di civile abitazione e la chiesa fu restaurata nel 1893.
Dal 1997, la chiesa è amministrata dalla diocesi, la Confraternita essendo stata soppressa (1996) per decreto del Ministero dell’Interno.
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