Il palazzo ha integrato parte delle fortificazioni del Monte Cenci, tra cui tre torri, che la famiglia Cenci aveva realizzato fin dal XIII secolo sulle rovine del Circo Flaminio e della zona commerciale annessa. L’attuale palazzo Cenci-Bolognetti, fu restaurato nel XVIII secolo dal lato di piazza dei Cenci, mentre, nel XIX secolo, lo fu dal lato di piazza delle Cinque Scole.
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