Il Palazzo fu costruito da Ludovico Mattei (+1580) nel 1541, su disegni di Nanni di Baccio Bigio (+1568). La parte del palazzo verso Botteghe Oscure, con ingresso al n. 3, è stata aggiunta dopo la demolizione di una casa di proprietà Mattei, nel 1640, su disegni dell’architetto Bartolomeo Breccioli (+1627). Fine ´700 si estinse il ramo dei Mattei di Paganica e subentrarono nella proprietà i Mattei di Giove. I Mattei di Giove si estinsero nel 1801 con la morte di Filippo Mattei, la di cui figlia, Caterina, sposando (1817) il marchese Giovanni Battista Canonici, trasferì la proprietà del palazzo ai Canonici Mattei. Nel 1928, il palazzo fu acquistato dall’Enciclopedia Italina ed è tuttora di sua proprietà.
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