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Gli scavi (1909) hanno ritrovato, sotto la basilica attuale, una sala absidata appartenente alla “domus” romana, all’epoca, adibita al ricevimento, nella quale trovarono un oratorio del VII secolo, probabilmente fondato, nel 645, da monaci greci del monastero di Mar Saba in Palestina (fondato da San Saba nel 483), in fuga per l’avanzata dell’impero Sassanide che nel 614 conquistò Gerusalemme.
I monaci chiamarono il cenobio “Cella nova” per richiamare il ricordo del monastero di Gerusalemme dedicato a San Saba archimandrita (439-532).
L’antipapa Costantino II (VIII sec.) fu imprigionato nel monastero, nel 768, quindi accecato ed abbandonato.
L’importanza del monastero era legata al ruolo diplomatico che ebbe a svolgere, per conto dei papi dell’epoca, nei confronti del mondo orientale: Adriano I (772-795) inviò “Pardus, egumenum monasterii beati Sabae” presso il re dei Longobardi, Desiderio (757-774), quindi “Pietro, abbatem venerabilis monasterii sancti Sabae qui appelatur Cellanova” presso Costantino VI (780-797).
Gli scavi misero in evidenza un sollevamento del suolo della sala absidata, operato dai monaci, per creare uno spazio alle loro sepolture, poste su due livelli in corridoi a spina convergenti in un corridoio centrale.
Gli affreschi, trovati nella chiesa primitiva, su molti strati successivi, sono datati dal 643, data della fondazione del monastero, al periodo di regno di Giovanni VII (705-707) e sono oggi conservati nei locali della sacrestia.
Nel corso del X secolo, i monaci sabatiani furono sostituiti dai frati benedettini di Montecassino e, nel 1144, Lucio II (Gherardo Caccianemici dall'Orso – 1144-1145) introdusse i Cluniacensi.
Nel 1205, fu edificata l’attuale basilica a tre navate absidate, la cui profondità è, praticamente, il doppio di quella primitiva, mentre il colonnato che separa le navate, impostato sui lati lunghi di quest’ultima, comporta un ulteriore ampliamento della basilica per l’intera superficie delle navate laterali.
I lavori terminarono alla fine del XIII secolo con la messa in opera del pavimento cosmatesco, del portico a sei colonne su due piani e del campanile.
Il cardinale Francesco Todeschini Piccolomini (1439-1503), poi papa Pio III (1503-1503), nel 1463, sovrappose al portico un loggiato che probabilmente comportò la sostituzione delle colonne del portico con pilastri e la chiusura delle finestre gotiche del portico, con piccole finestre quadrate.
Nel 1573, Gregorio XIII (Ugo Boncompagni - 1572‐1581) concesse la basilica al Collegio Germanico, condotto dai Gesuiti ed operò ristrutturazioni, come anche Pio VI (Giovanni Angelo Braschi - 1775‐1799), che compromisero l’aspetto medievale della basilica, ma che furono in parte eliminate nei restauri tra il 1900 e il 1943.
Dopo la soppressione (1773) dell’Ordine dei Gesuiti, subentrarono i Francescani nella gestione della basilica, mentre il Collegio Germanico fu affidato ai Domenicani, fino alla sua chiusura nel 1782, dovuta all’interdizione dell’imperatore del Sacro Romano Impero Giuseppe II (1765-1790), ai suoi sudditi di recarsi presso università ”straniere”.
Il Collegio era rimasto senza studenti e riaprì solo nel 1818, sotto la guida dei Gesuiti, riabilitati nel 1814.
Nel 1931, Pio XI (Achille Ratti – 1922-1939) eresse la basilica a parrocchia, mentre il titolo cardinalizio fu concesso da papa Giovanni XXIII (Angelo Giuseppe Roncalli – 1958-1963) nel 1959.
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