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Le suore Francescane accoglievano prostitute e donne perdute che volevano redimersi, dette “Convertite”.
Tra il 1627 ed il 1628 il cardinale Scipione Caffarelli Borghese (1577-1633) fece restaurare la facciata della chiesa ed il monastero annesso aggiungendovi un nuovo portale.
Nel 1628, le Convertite furono trasferite presso la chiesa di San Giacomo alla Lungara (vedi via della Lungara - Trastevere) ed il monastero, con la chiesa, passò alle suore Clarisse che lo dedicarono a Santa Chiara d’Assisi.
Queste ne furono scacciate nel 1810, per la soppressione degli ordini religiosi voluta dalla dominazione delle truppe imperiali francesi a Roma.
Nel 1814, con il ristabilimento del potere papale, Pio VII (Chiaromonti – 1800-1823) affidò la chiesa di S. Chiara alla Confraternita di San Tommaso Taumaturgo e Camillo Polverosi (+1843), ricco commerciante romano che, acquistato il monastero, lo trasformò in abitazioni e in un lanificio.
Nel 1855, durante i lavori di restauro, crollarono il tetto e la volta della chiesa che, di conseguenza, fu abbandonata.
La Congregazione dello Spirito Santo e del Sacro Cuore di Maria, fondata, nel 1841, dal padre François Libermann (1802-1852), derivava dalla “Congregazione delle Missioni straniere del Seminario di Parigi per le Colonie”, ma ebbe come missione di occuparsi degli studi ecclesiastici del clero francese destinato alle diocesi della madre patria.
Il padre François Libermann inviò a Roma il padre Louis Lannurien (1823-1854), per fondarvi il Seminario Francese.
Don Luigi Lannurien aveva aperto il Seminario Francese prima (1853) in via degli Ibernesi poi (1854) a Trevi nel monastero dell’Umiltà, nella via omonima, quindi, dopo la sua morte, la Congregazione acquistò il Convento e la chiesa in piazza S. Chiara.
Tra il 1883 e il 1890, avvenne il restauro del monastero e la ricostruzione della chiesa, per opera dell’architetto Luca Carimini (1830-1890).
Nel 1902, Leone XIII (Pecci – 1878-1903) rese il Seminario Francese istituto di diritto pontificio.
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