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Tra il 1627 ed il 1628, il cardinale Scipione Caffarelli Borghese (1577-1633) fece restaurare la facciata della chiesa ed il monastero annesso aggiungendovi un nuovo portale.
Nel 1628, le suore francescane, che tenevano la chiesa, furono trasferite presso la chiesa di San Giacomo alla Lungara (vedi via della Lungara - Trastevere) ed il monastero, con la chiesa, passò alle suore Clarisse che la dedicarono a Santa Chiara d’Assisi.
Queste ne furono scacciate nel 1810, per la soppressione degli ordini religiosi voluta dalla dominazione delle truppe imperiali francesi, a Roma.
Nel 1814, con il ristabilimento del potere papale, Pio VII (Barnaba Niccolò Chiaromonti – 1800-1823) affidò la chiesa di S. Chiara alla Confraternita di San Tommaso Taumaturgo.
Nel 1855, durante dei lavori di restauro, crollarono il tetto e la volta della chiesa che, di conseguenza, fu abbandonata.
La Congregazione dello Spirito Santo e del Sacro Cuore di Maria acquistò il Convento e la chiesa in piazza S. Chiara, nel 1856, per collocarvi il Seminario Francese che vi risiede tutt’oggi.
Tra il 1883 e il 1890, avvenne il restauro del monastero e la ricostruzione della chiesa, ad opera dell’architetto Luca Carimini (1830-1890).
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