Orazio Frangipane acquistò, nel 1570, da Niccolò Capocci una parte delle loro proprietà, per farne la residenza della famiglia a Roma. In questo periodo, il palazzo ospitò la seconda sede del Collegio Romano di S. Ignazio di Loyola. Il palazzo fu venduto, nel 1607 a Florio Farnese che lo restituì, probabilmente, ai Frangipane, dato che, nel 1631, ne divennero proprietari i Padri Silvestrini che lo acquistarono da Laura Frangipane per 9500 scudi. La famiglia Frangipane, marchesi di Nepi, è presente a Roma dal X secolo e si è estinta nel 1654. I Capocci, famiglia originaria di Viterbo, presente a Roma dalla metà del XII secolo, si estinse nel 1682.
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