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Nel catalogo di Michele Lonigo (1572-1638), del 1621, la chiesa fu detta anche dei “Santi Quaranta de Lenis” da una famiglia che abitava nei pressi ed è citata anche come “Santi Quaranta dei Pellicciai” per il numero di artigiani che esercitavano nella zona.
Quando nel 1597, Clemente VIII (Ippolito Aldobrandini – 1592-1605) concesse la chiesa dei Santi Quaranta alla Confraternita delle Stimmate di San Francesco, la funzione di Parrocchia della chiesa, risalente all’epoca medievale, termino`.
La Confraternita fu fondata, nel 1594, da un chirurgo di Campo de Fiori, di nome Federico Pizzi, sotto la guida di un padre francescano, padre “F. Pietropavolo”, del monastero di San Pietro in Montorio.La Confraternita si era costituita presso la cappella di quel monastero, dedicata alle stimmate di San Francesco.
Per ottenere una maggiore indipendenza della Confraternita laica, nei confronti della disciplina “osservante” del monastero, la Confraternita laica si spostò poi nella chiesa di San Giovanni in Ayno, in via Monserrato (vedi – Regola), quindi in quella di San Ludovico (1595), poi demolita (1602), per realizzare il convento dei padri Teatini, situato sulla sinistra della chiesa di Sant’Andrea della Valle (vedi piazza omonima - Sant’Eustachio) ed in fine in quella dei Santi Quaranta, nel 1597, quando fu elevata ad Arciconfraternita da Paolo V (Camillo Borghese - 1605-1621).
L’Arciconfraternita operò subito un importante restauro e, nel 1629, realizzò una nuova facciata.
Con l’elezione di Clemente XI (Giovanni Francesco Albani – 1700-1721), membro dell’Arciconfraternita, questa decise (1714) di costruire una nuova chiesa, su progetto dell’architetto Giovanni Battista Contini (1641-1723).
Nel progetto del Contini era prevista un’area detta “Sito per l’Oratorio, e Cimiterio …”, sotto la chiesa, il locale dove l’Arciconfraternita si riuniva per le sue pratiche religiose. Questo locale è stato riabilitato nel 1966 e reso di nuovo praticabile. Da una lapide del 1860, posta lungo le scale di accesso, si legge che la decorazione dell’oratorio fu voluta dall’Arciconfraternita e consiste, nel soffitto e nelle pareti laterali, di composizioni figurative ottenute con combinazioni di ossa e di denti (lungo le pareti). L’acquasantiera, posta per volontà del defunto all’ingresso del locale, è costituita dal teschio rovesciato del fondatore dell’Arciconfraternita, mastro Federico Pizzi, romano, chirurgo in Campo de Fiore, morto nel 1564”.
Nel 1719, terminato il corpo centrale, il Contini fu sostituito da Antonio Canevari (1681-1764) che realizzò la facciata e terminò i lavori nel 1721, anno in cui la chiesa, che mantiene un altare dedicato ai Santi Quaranta, fu consacrata e intitolata alle SS Stimmate di San Francesco, quale la vediamo oggi.
Un restauro fu eseguito dall’architetto Andrea Busiri Vici (1818-1911), sodale, nel 1869.
L’arciconfraternita è tuttora depositaria della chiesa, che è officiata dal clero diocesano.
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