Si crede che la chiesa primitiva sia stata ricostruita nel 1216 da Onorio III (Cencio Savelli – 1216-1227), affidandola a sacerdoti inglesi e dedicandola a S. Pantaleo (+305), patrono dei medici e degli infermieri. Fu restaurata, nel 1418, da Alessandro Savelli, il cui palazzo, che era nel vicino vicolo omonimo, è stato abbattuto nel XIX secolo per l’allargamento di corso Vittorio Emanuele II (ed il vicolo diviso in due). Dopo un rapido passaggio, nel 1607, di monaci Basiliani, che ripararono nella chiesa di San Basilio agli Orti Sallustiani (via di San Basilio – Trevi), Paolo V (Camillo Borghese – 1605-1621) concesse la chiesa, insieme al monastero annesso, ai Padri delle Scuole Pie, detti Scolopi. Nel 1621, il complesso fu restaurato ancora dai padri Scolopi diretti, fino alla sua morte, da S. Giuseppe Calasanzio (1557-1648), che vi è stato sepolto. La chiesa fu ricostruita, tra il 1681 e il 1689, per opera di Giovan Antonio de Rossi (1616-1695), che ridusse le cappelle da sei a quattro e compose l’abside circolare attuale, al posto del rettangolare precedente. La facciata è stata rinnovata, nel 1806, dal duca Giovanni Torlonia (1754-1829), su disegno di Giuseppe Valadier (1762-1839). Gli Scolopi sono, tutt’ora, responsabili della chiesa ed hanno la loro sede generalizia nell’edificio limitrofo.
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