La chiesa ha ospitato, nel 1449, l’Università degli Scrittori e Copisti della curia, intitolata a S. Giovanni e a S. Nicolò vescovo, per concessione di Nicola V (Tommaso Parentucelli – 1447-1455) e confermata di Giulio III (Giovanni Maria Ciocchi Dal Monte - 1550-1555). Leone X (Giovanni de' Medici – 1513-1521) elevò la chiesa a titolo cardinalizio nel 1517 (il titolo durò fino al 1937). San Filippo Neri ricevette, nel 1551, a 36 anni, tutti gli ordini, meno il diaconato, che ottenne in San Giovanni in Laterano. Nel 1582, la chiesa fu ristrutturata, come la vediamo oggi, ad opera di Francesco Capriani da Volterra (1535-1594), grazie al contributo della nobile famiglia di parrocchiani, i Cerrini. Gian Lorenzo Bernini (1598-1680) sposò in questa chiesa, nel 1639, Caterina Tezio. Nel 1848, la chiesa, che si trovava in uno stato estremo, fu restaurata ad opera dell’architetto Antonio Cipolla (1822-1874) e, nel 1880, l’architetto Lenti rinnovò la decorazione interna eliminando gran parte delle opere d’arte precedenti. Attualmente è chiesa nazionale della comunità cattolica eritrea, con rito alessandrino.
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