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Una casa (I sec.?) con Mitreo nel III secolo (impiantato successivamente in un ambiente della casa) ed un grande magazzino a forma rettangolare.
Essenzialmente su questo magazzino e sulla casa del I secolo, che non si esclude possa essere il “Titulus Clementis”, fu costruita la prima basilica, nel IV secolo, dedicata a San Clemente (88-97) e consacrata da papa Siricio (384-399).
Agli inizi del XI secolo l’edificio risultò fatiscente, probabilmente anche per l´invasione normanna del 1084, e fu deciso (XII sec.), sotto papa Pasquale II (1099-1118), di costruirne uno nuovo, interrando il precedente, per realizzare una nuova basilica, un po´ più stretta della prima, dedicata allo stesso santo.
Alcuni manufatti furono trasferiti dalla prima alla seconda basilica, come parte della “schola cantorum”, che porta il monogramma di Giovanni II (Mercurius – 533-535) e alcune vestigia della prima sono visibili nella seconda, come gli archi del colonnato destro della prima, ancora visibili nel muro perimetrale della seconda (a destra della sacrestia).
La seconda basilica, che è quella che vediamo oggi, è stata parzialmente modificata soprattutto dagli interventi del XVIII secolo (1713-1719) nella facciata esterna, nel quadriportico e per la costruzione del campanile, sotto Clemente XI (Giovanni Francesco Albani – 1700-1721), per mano di Carlo Stefano Fontana (1675-1740).
Nel 1403, l´amministrazione della basilica fu affidata da Bonifacio IX (Pietro Tomacelli – 1389-1404) ai Religiosi dei SS Barnaba e Ambrogio di Milano (detti i Santarelli), che vi restarono fino al 1643, quando il loro Ordine fu sciolto da papa Urbano VIII (Maffeo Barberini – 1623-1644).
Nel 1645, il cardinale Camillo Pamphili (1622-1666) vi assegnò i Domenicani di San Sisto, ma, nel 1655, in seguito alle persecuzioni dei cristiani in Irlanda, conseguenti alla Riforma Protestante, la basilica fu affidata ai Domenicani Irlandesi che la tengono tutt´ora.
Tra questi padri Domenicani va ricordato padre Joseph Mullooly (1812-1880), archeologo, che, nel 1857, iniziò gli scavi alla scoperta della basilica inferiore del IV secolo e li portò avanti, con successo, fino al 1870, scoprendo gran parte della basilica inferiore ed il mitreo nella casa del I secolo. Gli scavi proseguirono fino al 1990 ed oggi sono completamente visitabili.
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