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Nel 320, l´imperatore Costantino (306-337), fece costruire una basilica, a forma di circo agonale, in onore dei martiri di queste catacombe, in un terreno subito sopra di esse.
Col tempo la basilica costantiniana scomparve completamente, ma lungo il suo perimetro esterno sorsero numerosi sepolcri di martiri ed, in particolare, un piccolo tempietto dedicato ai due martiri Marcellino e Pietro l´esorcista.
Nell´VIII secolo, papa Gregorio III (731-741) fece costruire, dedicandola ai due martiri, una primitiva chiesa all´incrocio tra via Merulana e l´attuale via Labicana, solo un poco arretrata rispetto all´attuale, alla quale era associato un ospizio per i pellegrini chiamato “Ospizio del Salvatore”, che fu il primo nucleo dell´ospedale di San Giovanni” al Laterano.
Una chiesa più antica, di cui fu rinvenuta una piccola confessione sotterranea nel 1750, doveva certamente preesistere, chiesa che, da frammenti d'epigrafe trovati, risulterebbe edificata da papa Siricio (384-399) che l'avrebbe dedicata nel giorno natalizio dei due santi.
Nel 1250 Alessandro IV (Rinaldo di Jenne - 1199-1261) la ricostruì, dotandola di parte delle reliquie dei due santi, che furono poste sotto l´altare maggiore (Già dall´827 i resti dei due santi erano stati trasportati a Mainz - Germania).
Nel 1707, Clemente XI (Giovanni Francesco Albani - 1700-1721) affidò il complesso all´Ordine monastico dei Maroniti di Aleppo, che vi rimasero fino al 1753.
Nel 1751, Benedetto XIV (Prospero Lambertini - 1740-1758) ricostruì la chiesa, dalle fondamenta, ad opera di Girolamo Theodoli (1677-1766), cui è attribuita almeno la facciata, collocandola dove la vediamo oggi e affidandola ai Canonici del Laterano. Nel 1763, i Canonici passarono il complesso alle Suore Carmelitane di Santa Teresa di Gesù, che vi restarono fino all´anno 1906.
Da allora la chiesa è officiata dal clero secolare.
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