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In particolare, papa Stefano II dedicò la basilica a San Dionisio in omaggio al re di Francia, Pipino il Breve, che lo aveva ospitato presso il monastero basilicale di San Denis, presso Parigi e, sempre per questo, aveva legato la basilica al monastero di San Silvestro sul Soratte, donatogli dallo stesso re.
Anche per questo conservò il solo nome di S. Silvestro "inter duos hortos” o “cata Pauli” (nella casa di Paolo) ed assunse l’attuale denominazione “in Capite” quando vi fu trasferito il cranio del prete Giovanni, martirizzato sotto Giuliano l'apostata (360-363) e sepolto sulla Salaria Vetere nel cimitero "ad Clivum Cucumeris” o “ad septem Palumbas”, che era precedentemente custodito nella chiesetta di San Giovannino in Capite, dei monaci spagnoli della Mercede, in via del Moretto, quando questa fu abbandonata.
La basilica fu affidata, fin dall’inizio, ai monaci greci Basiliani, che, sotto Agapito II (946-955) , furono sostituiti dai Benedettini, che vi rimasero fino al XIII secolo.
Innocenzo II (Gregorio Papareschi– 1130-1143) rinnovò completamente la basilica, aggiungendovi il campanile e mosaici cosmateschi.
A fianco della basilica fu eretto il monastero, che nel tempo fu dotato di numerose proprietà, tra cui la colonna di Marco Aurelio, che, già allora, era fonte di cospicui guadagni per il numero di pellegrini paganti che volevano raggiungerne la sommità per ammirare Roma da quell’altezza. Una lapide, del 1119 (Vedi Basilica di S. Silvestro – Lapidi), murata nel portico della basilica, ricorda con quale veemenza i frati della basilica ne reclamassero la custodia.
Nel 1286, Onorio IV (Giacomo Savelli – 1285-1287) affidò il monastero alla comunità di Clarisse di Palestrina, fondata da Margherita Colonna (1255-1280), che vi rimase fino al 1874.
Nel 1593, il cardinale Franz Seraph von Dietrichstein (1570-1636), a sue spese, incaricò Francesco Capriani (1535-1594) da Volterra di rinnovare la basilica, e, alla sua morte, dal 1695, Carlo Maderno (1556-1629). I lavori si protrassero nel tempo e solo nel 1703 Domenico De Rossi (1659-1730) terminò la facciata, quale vediamo oggi.
Con il ritorno delle truppe francesi a Roma, nel 1810, furono soppressi tutti i monasteri romani, tranne quello di San Silvestro che era destinato a raccogliere, insieme ad altri tre, l’insieme delle suore provenienti da quelli che venivano chiusi.
Il convento di San Silvestro accolse le suore francescane ed alcune altre di altro ordine per un totale intorno al centinaio di suore.
Ripristinata l’autorità pontificia nel 1814, il convento riprese la sua vita normale fino al 1849.
In quell’anno la Repubblica Romana destinò il convento di San Silvestro alle truppe garibaldine, senza preavviso, così che le suore dovettero lasciarlo in brevissimo tempo, per rifugiarsi in quello di Santa Pudenziana.
Questo ordine repentino favorì il saccheggio popolare, prima, e quello delle truppe garibaldine, poi. Le suore riuscirono a salvare il massimo con 60 carretti, i quali, però, non tutti arrivarono a destinazione.
La preclusione del monastero alle suore continuò nel periodo successivo alla fine della Repubblica Romana con l’occupazione delle truppe francesi.
Solo nel 1852, Pio IX (Giovanni Maria Mastai Ferretti – 1846-1878), autorizzò il rientro delle Clarisse nel convento per fasi che si conclusero nel 1859, a meno della parte attinente al secondo cortile che fu occupata dagli Zuavi papalini, fino al 1870.
In quell’anno, infatti, gli acquartieramenti degli Zuavi furono occupati dalle truppe del Regno d’Italia entrate a Roma.
Ma lo spazio riservato agli Zuavi risultò insufficiente per l’esercito del Regno che ottenne l’esproprio dell’intero monastero con decreto reale del 4 marzo 1871.
Le Clarisse ebbero modo di resistere ancora fino al 1875 quando un nuovo decreto autorizzò le autorità a prendere possesso della parte ancora occupata dalle suore. Le suore Clarisse furono ospitate dalle Benedettine nel loro convento di Santa Cecilia in Trastevere.
Il monastero, dopo aver ospitato il Ministero dei Lavori Pubblici, fu demolito per essere rimpiazzato dal nuovo ufficio delle Poste Regie. Mariano Armellini (1852-1896) commentò, nel 1891: Il monastero è stato recentemente “soppresso, e l’opera grandiosa di Stefano e Paolo [Stefano I (752-757) e suo fratello Paolo I (757-767) avevano edificato la chiesa e il convento] da pochi anni è stata sostituita da un fabbricato di orribile architettura, destinato ad ufficio delle Poste”.
La chiesa è officiata, dal 1887 dai padri Pallottini di nazionalità inglese.
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