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Acquistate delle proprietà sulla via Clementina (oggi del Babuino), si dette inizio ai lavori della costruzione del Collegio e della Chiesa (1580), ad opera di Giacomo della Porta (1532-1602).
La posa della prima pietra fu eseguita, nel 1580, dal cardinale Giulio Antonio Santoro (1532-1602), che ne aveva caldeggiato la realizzazione.
Al fine di rendere la nuova chiesa capace di accogliere i due riti Greco e Latino, si ipotizza una modifica del progetto, in corso d’opera, con un allargamento della stessa, per creare una chiesa a croce greca, con due sacrestie, in cui le cappelle laterali, di rito latino, fossero sufficientemente distanti dall’altare maggiore di rito Greco e con l’innalzamento della copertura a volta ed un secondo piano della facciata che ingloba il primo piano dei due campanili.
I lavori, iniziati nel 1580, terminarono, comunque, nel 1583 e la chiesa fu consacrata, lo stesso anno, da monsignor Germanos Kuskonaris, vescovo di Amatunte in Cipro.
Il cardinale Santoro, protettore del Collegio, chiamò i primi Rettori tra diversi Ordini e tra i secolari di rito latino, ma, permanendo la difficoltà di conciliare i due diversi riti, nel 1591, chiamò i Gesuiti, che se ne occuparono fino al 1602.
Con la morte del cardinale Santoro (1602), divenne protettore il cardinale Benedetto Giustiniani (1554-1621), nato in Grecia, che affidò l’insegnamento del collegio ai Domenicani.
Alla morte del cardinale Giustiniani (1621), furono chiamati, di nuovo, i Gesuiti, che vi restarono fino al 1773, anno della soppressione della Compagnia di Gesù.
Dal 1624, papa Urbano VIII (Maffeo Barberini – 1623-1644), aveva escluso dal Collegio coloro che non erano destinati alla vita sacerdotale.
Con la partenza dei Gesuiti, il Collegio fu sottoposto all’autorità diretta della Sacra Congregazione di Propaganda Fide, che designò vari Presidenti del clero secolare, fino al 1886, quando Leone XIII (Vincenzo Gioacchino Pecci – 1878-1903) decise che la direzione del collegio dovesse essere riservata all’Ordine dei Resurrezionisti, mantenendo il protettorato del dicastero di Propaganda Fide, il quale, nel tentativo di stabilizzare la direzione del collegio, decise, nel 1890, di riconsegnarlo alle cure dei padri Gesuiti.
Nel 1768, il collegio era stato ristrutturato, con una nuova facciata, e riunito alla chiesa con un cavalcavia, a filo con la chiesa, che passava sopra la Via dei Bergamaschi (oggi via dei Greci) e che, nel 1770, fu spostato più in dietro dove si trova oggi.
L’invasione francese del 1798-99, aveva provocato molti danni al collegio ed alla chiesa, tanto che questi rimasero chiusi dal 1803 al 1845.
Tra il 1872 e il 1876, collegio e chiesa subirono un radicale restauro ad opera dell’architetto Andrea Busiri Vici (1818-1911), che portò la chiesa ad essere riservata totalmente al rito bizantino, con l’eliminazione degli altari laterali e del transetto, realizzando una Iconostasi in muratura con affrescate delle icone. Nel 1885, fu rifatto il pavimento in marmo.
Nel 1896, sempre per volere di Leone XIII, i Ruteni ottennero un collegio separato e partirono, accompagnati dai Gesuiti, mentre il rimanente “Collegio Greco” fu affidato all’Ordine dei Benedettini, il cui Primate divenne il Protettore del Collegio.
Dal 1919, l’Ordine riservò il Collegio Greco ai Benedettini belgi e, dal 1956, in particolare a quelli dell’Abbazia di Chevetogne (in provincia di Namur).
Tra il 1928 e il 1929, sono stati eseguiti restauri diretti a rafforzare la stabilità della volta e dell’abside.
Attualmente la chiesa dipende dalla Sacra Congregazione per le Chiese Orientali, e fa parte della parrocchia di San Giacomo in Augusta (degli incurabili).
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