La Confraternita, fondò, nel 1662, un ospizio, accanto all’oratorio, che fu dichiarato chiesa nazionale dei Borgognoni, per accogliervi i connazionali pellegrini a Roma e che fu dedicato ai SS. Claudio e Andrea, protettori della confraternita. Nel 1678, la Francia annette il territorio della Francia Contea e per conseguenza, da quella data, l’oratorio diviene chiesa nazionale francese (oltre a San Luigi dei Francesi, San Nicola dei Lorenesi e Sant’Ivo dei Brettoni). Alla fine del XII secolo l’oratorio, caduto in rovina, viene demolito (1726) per costrure una nuova chiesa (1728), l’attuale, per opera dell’architetto Antoine Dérizet (1685-1768). La nuova chiesa fu consacrata nel 1731. Nel 1793, la Confraternita dei Borgognoni fu sciolta e l’amministrazione delle chiese di nazionalità francese fu centralizzata. Nel 1886, con l’accordo del governo francese, la chiesa fu affidata all’Ordine dei padri Sacramentini, che la detengono tuttora.
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