Nel 1566, il vescovo di Tivoli (1554-1595), Giovanni Andrea Croce, su consiglio del nipote Gesuita, donò la chiesa, quasi in rovina, ma portatrice di beneficio ecclesiastico, a Francesco Borgia (1510-1572), generale dei Gesuiti, che, aggiunti dei terreni confinanti, donati dalla duchessa Giovanna d´Aragona (1477-1510), vi fece costruire una nuova chiesa, utilizzando la precedente chiesa come sacrestia della nuova. I lavori furono seguiti dal Gesuita Giovanni Tristano da Ferrara, sovraintendente delle fabbriche dell´Ordine, e la chiesa fu consacrata nel 1568, dal cardinale Marcantonio Colonna (1523-1597). Nel 1658, sotto papa Alessandro VII (Fabio Chigi – 1655-1667), il principe (ex cardinale, rinunciò nel 1647, ma il suo stemma cardinalizio compare sulla facciata della chiesa) Camillo Pamphili (1622-1666) incaricò Gian Lorenzo Bernini (1598-1680) di progettare una nuova chiesa ed il noviziato per gli aspiranti Gesuiti. In quell´anno, Bernini presentò, da prima, un progetto a pianta pentagonale, per rispondere alla richiesta dei Gesuiti che chiedevano cinque altari, ricevendo però il netto rifiuto di Alessandro VII, che impose una maggiore “discrezione” del progetto e il rispetto di una maggiore distanza della chiesa dal filo stradale. Il Bernini, quindi, cambiò il progetto, dando alla chiesa una forma ovoidale, con l´asse principale parallelo alla strada, così come la vediamo oggi. I lavori che furono seguiti direttamente dal Bernini con l´ausilio di Mattia de Rossi (1637-1695), suo allievo prediletto, durarono dal 1658 al 1678. In quell´anno la chiesa fu consacrata dal cardinale Alderano Cybo-Malaspina (1612-1700). I Gesuiti beneficiarono del noviziato dal 1678 al 1773, anno di soppressione dell`Ordine da parte di Clemente XIV (Gian Vincenzo Ganganelli – 1769-1774) e dal 1814, anno di ricostituzione dell´Ordine da parte di Pio VII (Barnaba Nicolò Chiaramonti – 1800-1823), fino al 1873, anno in cui il noviziato fu confiscato dal Regno d´Italia.
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