Il suo pensiero filosofico in chiave giansenista (l’uomo nasce corrotto e senza la fede non c’è salvezza) lo portò a scrivere in funzione anti gesuitica durante il suo soggiorno romano. In Toscana fu al servizio della famiglia dei Corsini e, nel 1730, all’elezione al soglio pontificio di Clemente XII (Lorenzo Corsini – 1730-1740), lasciò la Toscana per Roma al seguito del cardinale nipote Neri Maria Corsini (1685-1770) e risiedette con lui nel palazzo Corsini alla Lungara. A Roma, Clemente XII lo nominò canonico di Sant’Anastasia, gli assegnò la cattedra di Storia ecclesiastica alla Sapienza e, più tardi, lo nominò cappellano segreto, arciprete di Santa Maria in Cosmedin e secondo custode della Biblioteca Vaticana. Alla morte di Clemente XII, il successore Benedetto XIV (Prospero Lorenzo Lambertini – 1740-1758) lo nominò membro delle Accademie di Storia Ecclesiastica, dei Concili e di Antichità e gli affidò il canonicato di Santa Maria in Trastevere, dove fu sepolto nel 1775. Il monumento funebre gli fu dedicato da Pier Francesco Foggini (1713-1783), anche lui chierico toscano che, nel 1742, era stato chiamato dal Bottari a Roma, a palazzo Corsini, dove iniziò una brillante carriera di storico e di teologo. Fu nominato da Benedetto XIV coadiutore del Bottari alla Biblioteca Vaticana e direzione del collegio "Bandinelli" in via Giulia (vedi Collegio Bandinelli in via Giulia 81 – Regola). Il monumento si presenta con una base rettangolare in “giallo antico” che inquadra una lapide dedicatoria in “nero di Como”, sulla quale stanno due leoni accucciati in contrapposizione che sostengono un triangolo di marmo “nero antico” al centro del quale si trova il medaglione di bronzo dorato con il profilo in bassorilievo del defunto.
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