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La chiesa è, per la prima volta, nominata nel 1123 per un restauro operato da Callisto II (Gui de Bourgogne – 1119-1124) ed indicata come parrocchia dipendente da Santa Maria in Trastevere, con un piccolo ospedale annesso.
Cencio Camerario (1150-1227), poi Onorio III (1216-1227), la cita nel suo catalogo (1192) come “Sancti Quadraginta”.
Nel 1608, avendo perduto il titolo di parrocchia, fu acquisita dall’Arciconfraternita del Gonfalone (che aveva sede in Santa Lucia Vecchia, nell’attuale via del Gonfalone - vedi – Ponte), che la restaurò.
Nel 1736, la chiesa fu affidata ai frati Francescani Alcantarini, come base a Roma del movimento francescano riformato dal Francescano Pietro d'Alcantara (1499-1562).
I Francescani Alcantarini, nel 1747, incaricarono Giuseppe Sardi (1680-1771) di costruire un convento, con chiostro accanto alla vecchia chiesa, poi, successivamente, una nuova chiesa, da dedicare, oltre che ai XL Santi, anche a San Pasquale Baylon (1540-1592).
Con decreto di Filippo V del 1738, confermato con un altro di Isabella II, nel 1856, i due edifici furono posti sotto la Corona di Spagna.
La protezione dei reali Spagnoli impedì l’esproprio del convento nel 1870 e, nel 1897, papa Leone XIII (Vincenzo Gioacchino Pecci – 1878-1903) ottenne che l’insieme della diaspora di Ordini Francescani che erano venuti a formarsi nel tempo (Osservanti, Recolletti e Riformati) si riunissero di nuovo, sotto la dizione “Ordine dei Frati Francescani Minori”.
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