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Fin dal X secolo l’Hospitale e la chiesa erano tenuti dai monaci Benedettini che alloggiavano nel monastero di San Cosimato (vedi Piazza di San Cosimato – Trastevere), e possedevano una vasta zona di territorio di Trastevere a vocazione agricola, nella quale erano compresi chiesa e Hospitale.
Furono i frati Benedettini ad ospitare San Francesco (c.1181-1226) e i suoi fratelli, quando vennero a Roma per parlare con il Papa nel 1209, quando Innocenzo III (Lotario dei conti di Segni – 1198-1216) approvò oralmente l’Ordo fratrum minorum e nel 1223, quando Onorio III (Cencio Savelli – 1216-1227) ne approvò definitivamente la regola.
Queste visite, che erano rimaste nella religiosità del popolo (ancora si conserva la cella nella quale San Francesco aveva soggiornato), determinarono la scelta del luogo dove i Francescani avrebbero dovuto iniziare la loro opera a Roma.
Gregorio IX (Ugolino dei conti di Segni – 1227-1241), nel 1229, stabilì che l’Ordine Benedettino avrebbe ceduto la chiesa di San Biagio e i locali dell’Hospitale, all’Ordine nascente dei Francescani, con il terreno circostante in modo da formare un isolato oggi delimitato da: via Anicia, via della Madonna dell’Orto, via di San Michele e via di Porta Portese (nel 1249 i Benedettini dovettero cedere ai Francescani anche il monastero della chiesa di Santa Maria in Ara Coeli).
A favorire l’ingresso dei Francescani a Roma furono: Jacopa de´ Normanni (1190-1239), vedova di Graziano Frangipane (+1217), terziaria francescana ed amica di Francesco fin dal tempo dei suoi soggiorni nella capitale, il cardinale Matteo Rosso Orsini (1180-1246) che aveva ospitato il Santo nella sua casa di Castel Sant’Angelo e suo figlio, il cardinale Giovanni Gaetano Orsini (1216-1280), poi papa Niccolò III (1277-1280) che fu cardinale protettore dell’Ordine.
Nel 1231, i Francescani, che avevano trovato il complesso in una situazione di degrado, ristrutturarono la chiesa mantenendone le dimensioni e la forma ed adattarono l’hospitale a convento, tenendo fermo il proposito di conservare intatta la cella che aveva ospitato il Santo.
Intorno al 1285, Pandolfo II d’Anguillara (c.1225-c.1293), fu probabilmente il promotore degli affreschi della navata centrale, che ornarono la chiesa di San Biagio francescana, eseguiti probabilmente da Pietro Cavallini (c.1240-c.1330), con un ciclo illustrante scene di vita di San Francesco e stemmi degli Anguillara. (perduti).
L’Ordine Francescano viveva, in quegli anni, un contrasto al suo interno, che oppose d’un lato i frati che tenevano ad osservare la regola primitiva di San Francesco (specialmente per quello che riguarda il diniego del diritto di possedere dell’Ordine), che furono chiamati “Osservanti” o “Spirituali”, a fronte di un più consistente movimento, i “Conventuali”, che credeva in riforme che, modificando la “Regola”, si adattassero meglio al progredire dei tempi ed al sempre più frequente inurbamento dei monasteri francescani.
La controversia si risolse a favore dei Conventuali, nel 1323, quando papa Giovanni XXII (Jacques Duèse – 1316-1334), da Avignone, emise una serie di Bolle che dava ai monasteri la proprietà diretta degli stessi, quando, in precedenza, questi ne avevano avuto solo l’uso, mentre la proprietà era della Camera Apostolica.
Nonostante questo, la diatriba non ebbe mai fine e solo con Leone X (Giovanni de´ Medici – 1513-1521) l’Ordine dei Frati Minori (osservanti, riformati, recolletti, alcantarini) fu riconosciuto come Ordine autonomo, separato da quello dei Frati Minori Conventuali.
In questo contesto, nel 1444, Eugenio IV (Gabriele Condulmer – 1431-1447), assegnò il monastero di San Francesco a Ripa ai Frati Minori (osservanti) che, nel 1579, ricostruirono il vecchio convento, dotandolo del chiostro.
Le modifiche della chiesa medievale avvennero in varie fasi, cominciate con la costruzione di cappelle, patrocinate da famiglie nobili, tutte impostate sul lato sinistro, per non compromettere il chiostro che era adiacente, sul lato opposto della chiesa.
La prima cappella fu quella dell’Immacolata Concezione, per la famiglia Cetra, originaria di Corneto (Ascoli Piceno), alla fine del XV secolo.
Nel 1536, fu costruita la cappella della famiglia Albertoni, su disegni di Baldassarre Peruzzi (1481-1536), in occasione della morte di Ludovica Albertoni (1474-1533), la cui statua è opera di Lorenzo Bernini (1598-1680) del 1674.
Nel 1560, fu la volta della Cappella dell’Annunciazione e, nel 1566, della Cappella di San Michele.
Tra il 1603 e il 1608, fu ingrandito il convento con l’aggiunta di una infermeria, mentre nella chiesa, Onorio Longhi (1568-1619) fu incaricato di ampliare il coro e di rinnovare l’altare maggiore.
Il risultato di questa serie frammentata di lavori fu che i frati decisero di ridare unità all’insieme della chiesa, dandone incarico a Mattia de Rossi (1637-1695).
Questi, tra il 1675 e il 1689, rifece interamente la facciata e racchiuse le antiche colonne, lungo le navate, dentro pilastri che garantissero la piena stabilità delle volte, oltre che intonacare le pareti, sopra a quello che restava degli affreschi del Cavallini.
In questa fase si aggiunsero le cappelle del lato destro, ciò che compromise un lato del chiostro del XVI secolo. La chiesa fu riconsacrata nel 1701.
Ultimi lavori effettuati dai Minimi furono la sostituzione dell’altare maggiore nel 1737 e nel 1741 e il rifacimento del pavimento della chiesa nel 1866.
Nel 1873, intervenne l’esproprio del monastero da parte del Governo Sabaudo. La chiesa rimase ai Francescani, ma il loro alloggio fu altrove, nella vicina via della Luce.
Il convento fu trasformato nella caserma “Lamarmora” dei bersaglieri.
La caserma è ancora funzionante, mentre una parte del convento è stato recuperato dai Minimi che vi tengono la direzione provinciale. La chiesa è parrocchia dal 1906.
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