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Con questa flotta, integrata da quella degli alleati (Amalfi e Napoli), Leone IV sconfisse gli Arabi ad Ostia nell’849.
Un necessario incremento dell’attività marinara dei Papi avvenne dopo la caduta dell’impero bizantino (1453) che aveva eliminato lo scoglio delle navi bizantine che, fino a quel momento, avevano contrastato l’avanzata turca nel Tirreno.
Callisto III (1455-1458), eletto subito dopo la caduta di Costantinopoli, si trovò a dover contrastare questo pericolo istituendo una flotta pontificia permanente dotata di un Arsenale sul Tevere, di un effettivo di 16000 marinai e di una flotta di 31 galere, 3 galeazze ed altre navi di cui dette il comando al cardinale Ludovico Scarampi Mezzarota (1401-1465) veneziano.
Pio II (Enea Silvio Piccolomini – 1458-1464) e più tardi Sisto IV (Francesco Della Rovere – 1471-1484) incrementarono le unità della flotta che, insieme a quelle di Venezia e Napoli, fu in grado di pattugliare il mare mediterraneo e di contrastare l’avanzata mussulmana.
Nel 1571, a conclusione della guerra per il possesso di Cipro, si arriva ad uno scontro frontale tra la flotta cristiana della Lega Santa (flotta pontificia, Venezia, Spagna, ducato di Savoia e Ordine di Malta) e quella mussulmana di Müezzinzade Alì Pascià che morì durante lo scontro nettamente favorevole alle forze cristiane.
Per due secoli il traffico marittimo commerciale si sviluppò in ragione della ritrovata stabilità dei mari e la necessità di navi commerciali convinse Clemente XI (Giovanni Francesco Albani – 1700-1721) a rinnovare l’Arsenale Romano.
Alla fine del XVIII secolo, a causa della situazione politica europea (ascesa e declino di Napoleone) e delle scarse disponibilità delle finanze pontificie, la marina, che fino ad allora aveva stabilizzato una vasta parte del Mediterraneo e dell’Adriatico, si ridusse a presenziare gli stretti litorali dello Stato Pontificio.
Nel XIX secolo l’Arsenale era ridotto alla riparazione dei barconi e delle chiatte che rimontavano il fiume, fino al 1880, quando la costruzione del ponte Marmorata (poi chiamato Sublicio) comportò la distruzione della Dogana e di parte dell’Arsenale, tranne quel capannone che oggi si vede, subito furi porta Portuense, ornato dello stemma di Clemente XI.
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