Il nuovo orto fu creato dietro la fontana dell’acqua Paola al Gianicolo ed amministrato dall’Università della Sapienza. Pio VII (Barnaba Niccolò Chiaramonti – 1800-1823), superato il periodo di occupazione napoleonica 1809-1815, trasferì l’Orto Botanico nei giardini di Villa Salviati a via della Lungara, nel 1823. La Camera Apostolica aveva, infatti, acquistato la Villa Salviati per ospitarvi gli archivi vaticani, mentre i giardini furono dati in uso alla Università della Sapienza. Fu Leone XII (Annibale Clemente della Genga – 1823-1829) ad inaugurare il nuovo Giardino Botanico, ma fu Gregorio XVI (Mauro Alberto Cappellari - 1831-1836) che lo avviò su basi solide (il nome di questo papa è ricordato sull’antico cancello dell’Orto Botanico, accanto a Palazzo Salviati). Al momento di questo trasferimento il direttore del Giardino Botanico era il prof. Ernesto Mauri che provvide, con l’architetto dell’Archiginnasio all’adattamento dei giardini per le attività scientifiche e didattiche. Al prof. Mauri seguirono, nel 1833, il prof. Carlo Donarelli, docente di Botanica Pratica e Fisiologia, nel 1851, il prof. Pietro Sanguinetti (1802-1869) e, nel 1853, dopo l’improvviso passo in dietro del prof. Sanguinetti, gli successe il dott. Ettore Rolli, fino al 1871. Nel 1870, con l’avvento del Regno d’Italia, si decise di trasferire l’Orto Botanico nei terreni dell’ex convento di San Lorenzo in Panisperna, al fine di concentrare le attività di ricerca scientifica sul Viminale, mentre il Palazzo Salviati e i suoi giardini vennero assegnati all’Amministrazione Militare per costituirvi un collegio (oggi CASD-Centro Alti Studi per la Difesa). La scelta dei terreni dell’ex convento di San Lorenzo in Panisperna si rivelò sbagliata, sia per l’esigua quantità di spazio a disposizione, sia per il forte inurbamento circostante. Nel 1883, il Comune e lo Stato avevano acquistato, da don Tommaso Corsini, duca di Casigliano, la Villa Corsini e i suoi giardini, in via della Lungara, con il vincolo della destinazione del complesso ad usi scientifici ed avevano, quindi, destinato il palazzo all’Accademia dei Lincei, ed i giardini al nuovo, ed attuale, Orto Botanico. Il trasferimento da via Panisperna dell’Orto Botanico durò alcuni anni. Direttore del nuovo complesso fu il prof. Pietro Romualdo Pirotta (1853-1936) che si adoperò validamente, fino al 1928, per l’allineamento dell’Orto Botanico di Roma ai livelli delle altre capitali d’Europa. Dopo una fase di declino, durante il periodo bellico, l’Orto ha oggi ripreso in pieno la sua vocazione didattica, ambientale e di ricerca ed è sede di conferenze, mostre e simposi.
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