Il papa assegnò la chiesa alla Congregazione dei “Pii Operai”, cha, fondata a Napoli nel 1600 e giunta a Roma nel 1687, aveva la sua sede, in quel momento, presso la chiesa di Santa Balbina sull’Aventino. Il convento, alla sinistra della chiesa, fu edificato tra il 1760 e il 1764, ad opera dell’architetto Giovanni Francesco Fiori (1709-1784). Il complesso era la sede della Congregazione a Roma, ma la sua base più importante era rimasta la chiesa di San Nicola a Napoli, dove la Confraternita era stata fondata. Antonio Cipolla (1822-1874), restaurò la chiesa nel 1861 e, dopo il crollo del soffitto, nel 1872. Nel 1873, il Regno d’Italia, confiscò il complesso, lasciando in uso, alla Confraternita, la chiesa e parte del convento. Tra il periodo napoleonico e l’Unità d’Italia, la Confraternita vide ridursi il numero di aderenti, al punto che, nel 1943, Pio XII (Eugenio Pacelli – 1939-1958) riunì, in una, due confraternite, quella dei “Pii Operai”, oramai decimata ma di antica tradizione, e quella dei “Catechisti Rurali”, fondata in Calabria nel 1925. La confraternita, così rinnovata, occupa ancora la chiesa e parte del convento.
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