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Il primo ospedale per i marinai si trovava nei pressi del porto di Ripa Grande.
Sisto IV (Francesco Della Rovere – 1471-1484) lo spostò presso la chiesa dei Santi Quaranta Martiri, (oggi in via di San Francesco a Ripa), nel 1482.
Nel 1553, Giulio III (Giovanni Maria Ciocchi Dal Monte – 1550-1555), col patrocinio del cardinale Giovanni Battista Cicala (1510-1570), genovese, istituì la “Confraternita di San Giovanni Battista dei Genovesi” che gestì la chiesa e l’ospedale (che restò in funzione fino al 1704) ed in generale il patrimonio lasciato dal banchiere fondatore, in sostituzione dei Chierici di Camera della Santa Sede.
Nel 1559, il senato della Repubblica di Genova, riconobbe ufficialmente il ruolo di Consolato alla Confraternita, che poteva, per questo, esigere una tassa di 60 baiocchi alle imbarcazioni genovesi approdate a Ripa Grande.
Nel 1576, Gregorio XIII (Ugo Boncompagni – 1572-1585) accordò alla Confraternita il potere di liberare un condannato a morte genovese, il giorno della sua festa (24 giugno) e Gregorio XVI (Mauro Alberto Cappellari – 1831-1846) estese, questo diritto a condannati di ogni nazionalità.
Nel 1737, la chiesa subì importanti lavori di ristrutturazione che aggiunsero l’abside e il campanile.
Nel 1876, fu rinnovata la facciata, ad opera dell’architetto Luigi Carimini (1830-1890).
La Confraternita opera ancora oggi, con attività d’aiuto sociale, per le famiglie disagiate di Trastevere. L’ospedale, ampiamente rimaneggiato, ospita la “Domus Romana Sacerdotalis” per il clero della Curia in pensione o per il Corpo diplomatico vaticano.
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