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Lo scisma d’oriente, del X secolo, mise fine alla presenza dei monaci bizantini, ai quali subentrarono i monaci Benedettini di Cluny.
La famiglia dei Crescenzi fortificò il complesso che passò ai Savelli nel 1217, sotto Onorio III (Cencio Savelli – 1216-1227). I Savelli ricostruirono la chiesa, che dotarono del campanile a cinque livelli, ed il monastero che fu dedicato ai Santi Bonifacio ed Alessio di Roma (+412).
La chiesa era absidata, a tre navate, con otto colonne per lato, solo la cripta resta della chiesa dell’XI secolo e contiene affreschi risalenti al XII.
Come conseguenza della crisi del sistema monacale, durante il XII-XIII secolo, nel monastero di San Bonifacio e Alessio, che nel catalogo (c.1320) di Torino è detto “Monasterium Sancti Alexii habet monacos V”, subentrarono i Canonici Premonstratensi, nell’anno 1231.
Nel 1426, sotto Martino V (Oddone Colonna – 1417-1431) i Premonstratensi furono sostituiti dagli "Eremiti di San Girolamo dell'Osservanza", detti Gerolamini.
Nel 1750, in occasione dell’anno santo, i Gerolamini, con l’aiuto finanziario del cardinale Angelo Maria Querini (1680-1755), ristrutturarono la chiesa in stile barocco, su progetto di Giovanni Battista Nolli (1701-1756), eseguito da Tommaso de Marchis (1653-1759), così come la vediamo oggi. In quell’anno la basilica fu elevata a Titolo cardinalizio.
Nel 1810, i Girolamini furono espulsi dal monastero ma, dopo quattro anni, poterono tornarvi perché Carlo IV, re di Spagna e la sua consorte Maria Luisa di Borbone-Parma, dopo aver acquistato il convento per una estate di vacanze, ne fecero, poi, dono ai seguaci di San Girolamo.
Nel 1835 l’Ordine dei Gerolamini fu soppresso e, nel 1846, il monastero fu concesso ai Padri Somaschi, ma, nel 1873, parte di esso fu espropriato dal Regno d’Italia.
Nel 1929, i Somaschi, persa la loro sede generalizia a Roma, che era in San Nicola dei Cesarini, demolita per la realizzazione di Piazza Argentina (vedi Via San Nicola dei Cesarini – Pigna), la trasferirono temporaneamente nel nostro complesso, per spostarla definitivamente, nel 1990, nella chiesa di San Girolamo Emiliani a Casal Morena.
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