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I confratelli, che si erano provvisoriamente stabiliti a via Giulia, in S. Biagio de Cantusecuto o della Pagnotta (vedi Via Giulia – Regola), ebbero dal Pontefice, oltre il riconoscimento, anche, l’allora chiesa in rovina di S. Maria de Fovea, alla quale era stato annesso un monastero, di cui alla bolla di Benedetto XI (Nicola Boccasini - 1303-1304), che risaliva almeno al XII secolo, perché citata nel catalogo (1192) di Cencio Camerario (Cencio Savelli – c.1150-1227).
Nel 1505, la Compagnia iniziò la ricostruzione della chiesa, accanto alla quale, sotto Giulio II (Giuliano Della Rovere - 1503-1513), posero un ospedale che prese il nome di S. Giovanni della Misericordia.
Il nome di S. Giovanni Decollato fu da loro scelto, perché il santo è il patrono di Firenze, ed il giorno della sua decapitazione (29 agosto) diventò il titolo e la festa della Compagnia della Misericordia, e la chiesa fu detta: “Ecclesia Florentinorum Sancti Iohannis Baptistae de misericordia, cum hospitale in qua etiam sepeliunt corpora dannatorum”.
La chiesa, a navata unica, con tre altari per lato, fu ultimata nel 1588, e, nel 1600, Clemente VIII (Ippolito Aldobrandini – 1592-1605) terminò i lavori degli edifici adiacenti con la costruzione del chiostro, nel quale sono ancora visibili le fosse comuni dei condannati a morte qui sepolti.
La facoltà di liberare dei “condannati a morte” fu revocata da Innocenzo X (Giovanni Battista Pamphili - 1644-1655) e ripristinata, a beneficio della sola nostra Confraternita, da Pio VII (Barnaba Niccolò Chiaromonti - 1800-1823) nel 1800.
Dal 1870, la Confraternita restò attiva e lo è ancora oggi, perché si dedica al soccorso delle famiglie dei detenuti.
Il titolo cardinalizio alla chiesa fu riconosciuto nel 1969 e fu assegnato al cardinale Mario Nasalli Rocca (1903-1988) ma, da allora, la sede è rimasta vacante. Il titolo fu soppresso nel 2013.
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