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Ai primi anni del XIII secolo, il patrocinio della chiesa passò al Capitolo di San Pietro, dopo un lungo scontro con la parrocchia di San Lorenzo in Damaso, che l’aveva posseduta fin dall’inizio.
Il Capitolo di San Pietro fece ricostruire la chiesa ad opera di Ottavio Mascherino (1536-1606), nel XVI secolo, mentre la facciata fu completata solo nel 1730.
Dal XVI secolo iniziarono le scorrerie dei corsari barbareschi (Tunisia e Marocco – XVI-XIX sec.) sulle coste settentrionali del mediterraneo e, si dice, la chiesa si trovò annesso un ricovero per gli schiavi liberati dai pirati, i quali, riacquistata la libertà, avrebbero appeso le loro catene in questa chiesa, per cui il suo nome divenne S. Maria de Catenariis.
Da “de Catenariis – in Cateneri – in Catenari – in Caterina”, alla fine, è prevalso il culto di S. Caterina, martire di Alessandria d'Egitto (martirizzata con la ruota) e come predicato quello dello strumento di tortura, la “Rota”.
Restauri furono eseguiti nel 1857 e nel 1879, quest’ultimo finanziato dal cardinale Edoardo Borromeo (1822-1881).
Nel 1824, Leone XII (Annibale Clemente della Genga – 1823-1829), soppresse la parrocchia, nel quadro del riordino delle parrocchie del centro storico.
Nel 1925, papa Pio XI (Achille Ratti – 1922-1939) assegnò la chiesa all’Arciconfraternita di Sant’Anna dei Parafrenieri, fondata nel 1378, che aveva dovuto lasciare la chiesa di Santa Marta (in Vaticano), divenuta parrocchia della Città del Vaticano. All’Arciconfraternita è, ancora oggi, affidata la chiesa di Santa Caterina della Rota.
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