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Alla parrocchia facevano riferimento gli spagnoli (più propriamente, all’epoca, Catalani, Aragonesi e Valenziani) residenti a Roma.
Nel 1354, con l'approvazione di papa Innocenzo VI (Etienne Aubert - 1352-1362) la catalana Jacoba Fernandez aveva iniziato la costruzione di un ospedale prossimo alla chiesa di San Niccolò a Corte Savella (la chiesa che divenne, nel 1518, sacrestia di Santa Maria in Monserrato) per soli uomini Catalani, Aragonesi e Valenziani, residenti a Roma.
Nel 1363, ugualmente fece donna Margherita Pauli, originaria di Majorca (Aragona), che fondò un ospedale per sole donne della sua nazione, in prossimità della parrocchia di San Tommaso degli Spagnoli. Sia che la chiesa fosse ridotta in cattivo stato, sia che una “visita pontificia”, nel 1566, avesse stabilito le negligenze dei sacerdoti spagnoli che officiavano la chiesa, papa Gregorio XIII (Ugo Boncompagni – 1572-1585) soppresse la parrocchia (94 famiglie) e concesse la chiesa all’Arciconfraternita delle Stimmate della Nazione Bolognese (1581). Lo stato dell’antica parrocchia determinò Gregorio XIII, bolognese, e l’Arciconfraternita delle Stimmate a costruirne una nuova. Per questo dettero incarico all’architetto Ottaviano Mascherino (1536-1606) che iniziò i lavori già nel 1582. Il suo progetto fu una chiesa a croce greca con cupola centrale. I lavori si protrassero fino alla metà del XVII secolo con la costruzione della cupola. La chiesa, ancora senza facciata, fu dedicata a San Petronio, protettore di Bologna, ed a San Giovanni evangelista. Tra il 1696 ed il 1700 fu portata a termine la facciata della chiesa che, da allora, fu come la vediamo oggi.
Durante l’occupazione francese (1805-1814), la chiesa fu ampiamente saccheggiata e molte opere d’arte vi furono sottratte per prendere la via di Parigi, al punto che nel 1810 fu sconsacrata. Tra il 1892 e il 1940, il Governo Italiano sequestrò il complesso all’Arciconfraternita delle Stimmate che perse ogni diritto sul complesso fino a che il suo stato giuridico come associazione laica non fu sancito dalla legge italiana. Adempiuto quest’obbligo, dopo il 1940 riacquistò i suoi diritti e nel 1985 riacquistò anche il suo “status ecclesiasticus” (assoggettamento allo Stato della Chiesa). Lo stesso anno papa Giovanni Paolo II (Karol Wojtyła – 1978-2005) vi istituì un titolo cardinalizio che detiene tutt’oggi.
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