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Molte sono le variazioni dell’appellativo di questa chiesa, tra cui alcuni fanno derivare l’"Aynus” da un “agnus”, che insieme al santo eponimo figurava sulla facciata della chiesa nel XIV secolo ( Si tratta però di San Giovanni Evangelista che ha come simbolo l’aquila e non di San Giovanni Battista), altri dal semitico "ain" – "fonte", che mettono in relazione col Tarentum o Terentum, in questa zona, o con le emanazioni gassose delle paludi.
La chiesa è stata parrocchia dal XIV secolo al 1824, quando Leone XII (Annibale Clemente della Genga – 1823-1829) riordinò le troppo numerose parrocchie del centro città.
La funzione parrocchiale passò alla chiesa di Santa Lucia del Gonfalone, in via dei Banchi Vecchi.
Tra il 1552 e il 1571, vi ebbe sede la Confraternita di S. Maria dell’Orazione e Morte (vedi chiesa di Santa Maria di Orazione e Morte – Via Giulia – Regola).
Tra il 1585 e il 1597, la parrocchia si fece carico delle anime della parrocchia di Sant’Andrea de Azanesi, destinata ad essere inglobata nella costruzione di Santa Maria in Monserrato (vedi via di Monserrato – Regola) e, nel 1805, di quella di San Nicola degli Incoronati, a Piazza Padella, destinata alla demolizione.
La chiesa, in epoca medievale, sarebbe stata di forma basilicale con patio e doveva essere molto più grande dell’attuale.
Si ha notizia, dalla scritta (DIVO IO. EVANGE IVSTI BONANNII GEMINIANENSIS PIA CVRA A FUND RESTITVTVM), che si trova tuttora sulla facciata, di una sua ricostruzione, a spese di un Giusto Bonanni di San Gimignano, senza poterne leggere l’anno, che potrebbe essere tra la fine del XV secolo, dato lo stile della facciata, e la fine del XVI. Il fatto che palazzo Ricci, che si trova alle sue spalle, sia stato costruito alla fine del XVI secolo, potrebbe dare ragione alla seconda ipotesi.
Nel 1660, si doleva il parroco che essa rendeva solo 20 scudi annui contro i 90 antecedenti “perché dopo si introdusse la presente detestabile corruttela di portare alle chiese li cadaveri dei defunti di notte e nelle barelle e nelle carrozze etiam di giorno, senza lumi, senza salmodia, senza croce, senza il proprio parroco, con licenza dei signori superiori, contro il rito ecclesiastico, pietà cristiana e comune osservanza di tutto il cattolicesimo”.
La chiesa aveva una sepoltura per i putti e due per gli adulti.
La chiesa, fu sconsacrata nel 1895 e fece funzione di magazzino, fino ad essere restaurata per uso privato.
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