Nel 1607, la Confraternita aveva acquistato un terreno nell’area destinata al Palazzo dei Tribunali, opera abbandonata dal Bramante (1444-1514) alla morte del committente, papa Giulio II (Giuliano Della Rovere – 1503-1513). Nel 1620, Paolo V (Camillo Borghese – 1605-1621) la eresse ad Arciconfraternita del Suffragio. Su quel terreno, nel 1662, grazie alle contribuzioni dei fratelli e del marchese Bartolomeo Ruspoli (1634-1681) di Orazio, l’Arciconfraternita affidò il progetto di una nuova chiesa, dedicata a Santa Maria del Suffragio, a navata rettangolare unica, con 6 cappelle laterali, coperta da una volta a botte (essendo stato rifiutato il progetto iniziale a pianta ellittica ) a Carlo Rainaldi (1611-1691), che concluse i lavori con il completamento della facciata, nel 1669. L’Arciconfraternita aveva preso possesso della chiesa già nel 1667, anche se la sua decorazione interna terminò nel 1685. La chiesa fu restaurata nel 1868 a cura di Tito Armellini, professore di storia naturale alla Sapienza, padre di Mariano Armellini (1852-1896) famoso archeologo e storico della città di Roma.
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