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Dalla “secca”, deposito di rena e limo, che il Tevere lasciava lungo quello che sarebbe stato il tracciato di via Giulia, la chiesa assunse diversi nomi (San Biagio gastru secuta, gatta secuta, cantu securo, clatro secura, cantu secuta, monte secuto) tutti riconducibili all’espressione “de cantu secuta”, in riferimento al “caput seccutae”, quale veniva definito il limite delle esondazioni del Tevere in quella zona.
L’abitudine di distribuire piccoli pani benedetti ai poveri, nel giorno della festa del Santo (3 febbraio), le hanno dato anche il nome di San Biagio della Pagnotta.
Nel 1186 era dipendente dalla chiesa parrocchiale di San Lorenzo in Damaso (Vedi Piazza della Cancelleria - Parione).
Con la crisi dell’osservanza benedettina del XIII secolo, papa Nicola V (Tommaso Parentucelli - 1397-1455) pose la chiesa sotto l'autorità del cardinale-vescovo dei Ruteni (Russi, Bielorussi e Ucraini).
Dal 1488 al 1588, la chiesa ospitò la Compagnia della Misericordia dei Fiorentini, che si trasferì nella chiesa di San Giovanni Decollato (vedi Via di San Giovanni Decollato - Ripa) che divenne la sede definitiva della Compagnia della Misericordia.
Nel 1641, i Ruteni si spostarono nella chiesa rinnovata dei SS Sergio e Bacco, in Piazza della Madonna dei Monti (Vedi Piazza della Madonna de´ Monti – Monti).
Nel XV secolo, per mancanza di monaci, fu ridotta a commenda (beneficio ecclesiastico vacante, "affidato" in custodia al titolare di un beneficio contiguo o ad un laico) fino al 1439, quando passò alle dipendenze del capitolo vaticano, diventando parrocchia.
Sotto Eugenio IV (Gabriele Condulmer - 1431-1447) la reliquia della “gola di S. Biagio”, che v’era custodita, fu trasferita in S. Pietro.
Con Nicolò V (Tommaso Parentucelli - 1447-1455) la chiesa tornò ad essere commenda e tale rimase fino al XVI secolo.
Nel 1592, vi fu fondata la Confraternita della Santissima Vergine Maria del Suffragio per intercedere per le anime del Purgatorio (Vedi Chiesa di Santa Maria del Suffragio – via Giulia).
In una relazione sullo “stato temporale delle chiese romane" della seconda metà del XVII sec. è scritto:
”Da chi fosse fondata non si sa, ma si sa essere una delle chiese antichissime di Roma e che fusse il tempio di Nettuno....Non ha organo: il campanile è di struttura antica con due campane, una assai grande. Ha 5 sepolture; ha il cimitero vicino alla sacrestia circondato di un muro con una croce grande di legno et altre piccole di ferro....”
Nel 1730, la chiesa fu ricostruita ad opera di Giovanni Antonio Perfetti (+1754), tale quale la vediamo oggi e l’interno, ad una sola navata, fu decorato da Filippo Navone nel 1832.
La parrocchia fu soppressa, nel 1824, da papa Leone XII (Annibale Clemente della Genga – 1823-1829).
Nel 1836, sotto Gregorio XVI (Mauro Alberto Cappellari - 1831-1846), la chiesa tornò, temporaneamente al Capitolo di San Pietro, per poi essere affidata agli Armeni che provenivano da Santa Maria Egiziaca (Tempio rettangolare di Portumno a campo vaccino), che l’officiano tutt’ora. La chiesa ha preso, per questo, il nome di San Biagio degli Armeni ed è divenuta la loro chiesa nazionale.
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