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Nel complesso antico sussistevano una chiesa, che era a tre navate con transetto ed abside, arricchita da mosaici e, accanto alla chiesa, un monastero di rito bizantino [Caso molto diffuso a Roma, in quel periodo, per la fuga dei monaci bizantini dall’impero romano di oriente, dovuta alla repressione iconoclasta dell’imperatore Leone III Isaurico (717-741)].
La chiesa, menzionata nel 1281, mantenne i monaci basiliani fino agli inizi del XI secolo, sostituiti, in seguito, da chierici secolari. Nel catalogo di Torino (1320) è detta essere officiata da otto chierici.
Il Palazzo contiguo, in forma modesta, esisteva già nel XIV sec. e fu dato, da Gregorio XI (Pierre Roger Beaufort - 1370-1378), nel 1375, al cardinale Pietro de Luna (antipapa, poi Benedetto XIII - 1375-1423) in commenda, quindi passò all’arciprete della chiesa attigua.
Nel 1377, il palazzo alloggiò porporati di ritorno da Avignone, nel 1407, fu ambasciata di Francia e, nel 1408, lo occuparono gli Orsini, che ne furono espulsi dai vicini Sanguigni, a profitto del re Ladislao di Napoli (1386-1414).
Martino V (Oddone Colonna - 1417-1431) e Eugenio IV (Gabriele Condulmer - 1431-1447) lo destinarono ai cardinali.
Pervenuto poi in affitto ai locali canonici, fu ceduto al cardinale Guillome d’Estouteville (1400-1483) che, acquistando vicini immobili, dopo averlo demolito, lo ricostruì più grande per opera di Baccio Pontelli (1450-1494).
Il cardinale morì il 22 gennaio del 1483 e nel palazzo succedettero diversi porporati, finché il rettore del Collegio Germanico, attuato nel 1552 da S. Ignazio di Loyola (1491-1556) per “opporre un argine al dilagare della Riforma”, richiese chiesa e palazzo dell’Apollinare a Gregorio XIII (Ugo Boncompagni - 1572-1585), che gliene fece donazione con tutti i beni annessi fra cui S. Stefano Rotondo, S. Saba e la chiesa degli Ungari al Vaticano, nonché l’esenzione dal pagamento della dogana.
Nel tempio i collegiali davano concerti e rappresentazioni sacre che si protrassero nel tempo, diretti inizialmente dal compositore Tomàs Luis de Victoria (1548-1611), cui fece seguito Annibale Stabile (c. 1535-1595), ma poi anche da celebri maestri, quali: Annibale Orgas (c.1585-1629), Lorenzo Ratti (1589-1630), Giacomo Carissimi (1605-1674) e Ottavio Pittoni (1657-1743). L’ultimo spettacolo, nel palazzo, fu dato nel 1750 ed i concerti sacri, nella chiesa, ebbero luogo nei primi anni del XX secolo.
Elevata a titolo cardinalizio da Leone X (Giovanni de´ Medici - 1513-1521), nel 1517, ne fu privata da Sisto V (Felice Peretti - 1585-1590), nel 1587 [Il titolo fu ripristinato da Pio XI (Achille Ratti - 1922-1939), nel 1934].
La chiesa fu anche parrocchia, sotto Pio IV (Giovanni Angelo Medici - 1559-1565), dal 1562 al 1848, quando Leone XII (Annibale Clemente della Ghenga - 1823-1829) riordinò le parrocchie del centro di Roma.
Nel 1742, Benedetto XIV (Prospero Lorenzo Lambertini - 1740-1758) ricostruì la chiesa, come ci appare oggi, per opera di Ferdinando Fuga (1699-1782). La nuova chiesa fu consacrata nel 1748.
In questo periodo (1745-1748) oltre alla riedificazione della chiesa, avviene la sopraelevazione del palazzo di due piani e l’allineamento della sua facciata con quella della chiesa, sempre su progetto di Ferdinando Fuga (1699-1782).
Con la soppressione dei Gesuiti, nel 1773, da parte di Clemente XIV (Gian Vincenzo Antonio Ganganelli - 1769-1774), il collegio fu affidato ai clerici secolari, coadiuvati dai padri Domenicani, mentre la chiesa fu data ai padri Lazzaristi.
La fine del collegio avvenne a causa dell’occupazione francese del 1798-1799 [il suo ripristino, nel 1853, avvenne in Via del Seminario n. 84 a Palazzo Gabrielli-Borromeo (Vedi Colonna)].
Nel 1824, Papa Leone XII (Annibale Clemente della Ghenga - 1823-1829) affidò chiesa e collegio al Seminario Romano, che vi rimase fino al 1848, per trasferirsi a Piazza del Collegio Romano. Contemporaneamente, come già detto, fu soppressa la funzione parrocchiale della chiesa.
Il Seminario Romano fu sostituito dal Pontificio Istituto di Sant'Apollinare, che rimase fino al 1990, quando gli subentrò la Pontificia Università della Santa Croce, tenuta dall’Opus Dei, che vi risiede tutt’ora.
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