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Gli successe il figlio, Federico II (1585-1630) che vi fondo` lŽAccademia dei Lincei, nel 1603, insieme a Francesco Stelluti (1577-1653), scrittore, a Jan van Heck (1579-1620), naturalista olandese ed ad Anastasio de Filiis (1577-1608), parente dei Cesi originario di Terni che svolse funzioni di segretario.
La ricerca biologica si sviluppo` nei giardini del palazzo (dove furono ritrovate le due statue di Re Traci, che, acquistate da Clemente XI, si trovano ora ai Musei Capitolini).
Dopo i primi anni di difficolta` dovuti soprattutto alla diffidenza dell’ambiente universitario, ancora legato alla teoria tolemaica, nei confronti di un movimento che si ispirava a quella di Copernico, nel 1611, entro` a far parte dell’Accademia Galileo Galilei (1564-1642), insieme al quale i sodali, rafforzati dalla sua presenza, iniziarono a misurarsi con le vecchie teorie della Santa Inquisizione (la Chiesa cattolica ha cancellato la condanna a Galileo Galilei nel 1992!).
Nel 1798, il palazzo passo` al marchese Ulisse Pentini, che vi ospito` la Deposeria Urbana (istituita da Urbano VIII, nel 1629), come banco di deposito dei pegni giudiziali. Nel 1855 fu di fatto soppressa e le sue prerogative passarono al Monte di pieta`) fino al 1850. Nel 1855, la proprieta` passo` al barone Camuccini (figlio di Vittorio, pittore), poi al duca di Northuberland, quindi ai Santarelli e, in fine, nel 1929 a Salvatore Buffardi. Nel 1940, il palazzo fu espropriato e vi fu ospitato il Tribunale Militare, che vi e` tuttora.
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