Il palazzo fu costruito, agli inizi del XVI sec., dalla famiglia Gaddi (mercanti toscani, a Roma dal XV sec.). Il palazzo era interamente ricoperto da graffiti per opera di Polidoro da Caravaggio (1499-1543). Dai Gaddi passò ai Rosso di San Secondo, quindi, nel 1567, ad Angelo Cesi (1530-1606) e, poi, nel 1587, a suo figlio Federico I che ampliò il palazzo. Gli successe il figlio Federico II (1585-1630) che vi fondò l’Accademia dei Lincei, nel 1603, e sviluppò la ricerca biologica nei suoi giardini (dove furono ritrovate le due statue di Re Traci, che, acquistate da Clemente XI, si trovano ora ai Musei Capitolini). Nel 1798, il palazzo passò al marchese Ulisse Pentini, che vi ospitò la Depositeria Urbana (istituita da Urbano VIII, nel 1629, come banco di deposito dei pegni giudiziali. Nel 1855 fu di fatto soppressa e le sue prerogative passarono al Monte di pietà fino al 1850. Nel 1855, la proprietà passò al barone Camuccini (figlio di Vittorio, pittore), poi al duca di Northuberland, quindi ai Santarelli e in fine, nel 1929, a Salvatore Buffardi. Nel 1940, il palazzo fu espropriato e vi fu ospitato il Tribunale Militare, che vi è tuttora.
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