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Nel 1561, subentrarono le claustrali agostiniane e, piu` tardi, il cardinale Federico Borromeo (1564-1631) rinnovò la chiesa che, nel 1675, scriveva l'abate Filippo Titi (1639-1702), "vien rimodernata al presente con buona e vaga architettura dal cavaliere Carlo Fontana (1634-1714), a spese d'una monaca di casa Boncompagni". Carlo Fontana (1638-1714) modificò la facciata, aggiungendovi il timpano e nell’interno creò i due altari laterali e l’abside in stile barocco.
La consacrazione solenne della chiesa avvenne nel 1696 e nell'interno vi avevano lavorato Luigi Garzi (1638-1721), allievo di Andrea Sacchi (1598-1661) e Giovanni Battista Gaulli (1639-1709) detto il Baciccia che aveva affrescato la facciata e le volte della chiesa.
Nel 1798, la chiesa, trasformata dai francesi in loggia massonica, diventò, dopo il 1870, magazzino dell'annessa caserma di fanteria ed ancora archivio generale della Questura centrale di Roma, che aveva sostituito la caserma.
Trasferitasi la Questura in via Genova, sono stati rimossi gli incastri delle scaffalature, poste a forza nelle cappelle laterali di Santa Marta, che hanno massacrato gli stucchi del 700, gli archi, i capitelli fioriti e lumeggiati in oro e adesso la chiesina serve da magazzino alle risme di carta ad uso del Poligrafico dello Stato.
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