Per gli effetti del matrimonio morganatico che impediva il passaggio dei diritti feudali del padre ai figli, Andrea intraprese la carrier ecclesiastica e, in considerazione del suo rango, fu creato cardinale (1576) all’età di 18 anni da papa Gregorio XIII (Ugo Boncompagni – 1572-1585). L’anno successivo si iscrisse all’Università di Siena. Nel 1581 divenne vescovo di Bressanone e nel 1589 di Costanza, e nel biennio 1588–89 fu governatore dei Paesi Bassi ad interim. In occasione del giubileo del 1600, da Vienna si recò a Roma a piedi. Tornando da Napoli, dove si era recato a venerare San Gennaro, cadde gravemente malato e morì il 12 novembre 1600 a Roma. Il monumento funebre, promosso da suo fratello, Carlo d’Austria (1560-1618) ad opera dello scultore fiammingo Gillis van den Vliete (c.1535-1602) fu posizionato nel coro della chiesa, accanto a quello di papa Adriano VI (Adriaan Florenszoon Boeyens - 1522-1523). Spostato sulla controfacciata, nel 1750, subì numerose modiche e rifacimenti.
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