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Un documento nell’archivio di San Pietro, del 19 marzo 1179, dice: “...domus posita in Parrione ante ecclesia S. Mariae in Vallicella”.
Nel 1186, è compresa in un elenco di parrocchie, pur se dipendente dalla vicina basilica di San Lorenzo in Damaso (La parrocchia fu soppressa nel 1622 e molto dopo ripristinata nel 1905).
Nel XVI secolo, papa Gregorio XIII (Ugo Boncompagni - 1572-1585) dette l’antica chiesa a S. Filippo Neri (1515-1595) in riconoscimento delle sue attività caritative in Roma, al fine di dare una sede propria alla Congregazione degli Oratoriani, fondata nel 1551 dal Santo, la cui attività aveva avuto inizio nella chiesa di San Girolamo della Carità (1551-1574), a via Monserrato, ed era continuata (1574-1577) a San Giovanni dei Fiorentini, a Piazza dell’Oro, ed era stata eretta canonicamente nel 1575 dallo stesso papa Gregorio XIII.
Con i mezzi offerti dal vescovo di Todi, Angelo Cesi (1530-1606), e dal fratello, cardinale Pierdonato Cesi (1522-1586), i lavori, per la costruzione di una nuova chiesa, iniziarono nel 1575.
La prima pietra fu posta dal cardinale Alessandro de’ Medici (poi Leone XI, per 27 giorni) quello stesso anno.
I primi disegni della fabbrica furono di Matteo Bartolini di Città di Castello (1530-c.1597), con le modifiche richieste dallo stesso Filippo Neri (1515-1595), il Bartolini condusse i lavori fino al 1577, sostituito poi da Martino Longhi il Vecchio (1534-1591).
Tra il 1594 e il 1617, su progetto di Giacomo della Porta (1532-1602), fu ampliato l’interno della chiesa accorciando la profondità delle cappelle e rendendo così la chiesa a tre navate, aggiungendo una cappella per parte.
La chiesa fu consacrata nel 1599, a lavori in corso, dal cardinale Alessandro de’ Medici, sei anni prima la sua effimera elevazione al soglio pontificio (Leone XI - 1605-1605).
Il disegno della facciata del Longhi fu rielaborato da Fausto Rughesi (1597-1605) che, su finanziamento del vescovo Angelo Cesi (1530-1606), iniziò i lavori nel 1594 e li portò a termine nel 1605.
Nel 1650, Pietro da Cortona (1596-1669) dotò la cupola di una lanterna e, nel 1660 affrescò il catino dell’abside, con “II trionfo di Maria”, e la cupola, con il “Trionfo della Trinità”.
Nel 1870, l’oratorio fu sequestrato dal Regno d’Italia, per destinarlo a funzioni di tribunale.
In questo periodo, le condizioni fisiche degli edifici e delle opere d’arte subirono gravi deterioramenti.
Nel 1880, fu aperto il Corso Vittorio Emanuele, ciò che liberò la chiesa e l’oratorio dal dedalo di viuzze circostanti.
Nel 1905, da San Tommaso in Parione, nella via omonima, furono trasferiti parrocchia e titolo cardinalizio alla Chiesa Nuova, sotto la responsabilità degli Oratoriani.
La chiesa fu restaurata nel 2006.
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