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Un pozzo, nei sotterranei della chiesa, è ancora accessibile, ma i rari scavi effettuati non hanno permesso di datare e dimostrare l´esistenza effettiva di questa abitazione.
Nel IV secolo, il presbitero Ilicio, di Santa Pudenziana, restaurò molte chiese nei dintorni della sua ed in particolare costruì un portico che univa la sua chiesa (Santa Pudenziana) con l´Oratorio di Sant´Ippolito (Il disegno del portico si vede nel mosaico dell´abside di S. Pudenziana), ma non si può essere certi che l´Oratorio di S. Ippolito coincida con la chiesa in questione.
La prima menzione ufficiale della chiesa compare in un documento di Santa Maria Maggiore del 1348. Nei secoli XIII e XIV la chiesa fu custodita da monaci e da monache di San Benedetto.
La chiesa attuale fu costruita, nel 1543, dal cardinale Juan Alvarez de Toledo (1488-1557) e , nel 1624, Urbano VIII (Maffeo Barberini – 1623-1644) fece fare dei lavori di ampliamento e restauro all´architetto Domenico Castelli (1582-1657), detto il Fontanino.
La chiesa fu assegnata alla Congregazione dei Cortigiani, detta dei Nobili Aulici o Urbana, perché istituita da Urbano VIII () nel 1627.
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