LŽabside della sala e, quindi, della chiesa, era orientata verso la via di Tor deŽ Conti, ed aveva lŽingresso dalla parte opposta di dove è oggi. Davanti la chiesa un bello spazio ne costituiva il sagrato. La chiesa era a navata unica ed aveva una serie di nicchie architravate lungo le pareti laterali, dotata di campanile (che tuttora esiste) e di portico, era impostata al livello dei fori imperiali (circa -6 m sotto il calpestio attuale). Nel XII secolo il pavimento della chiesa fu sopraelevato di circa due metri, per un primo tentativo di sfuggire allŽumidità del suolo. I restauri della chiesa di papa Sisto IV (Francesco Della Rovere – 1471-1484), documentati nellŽarchitrave dŽingresso della chiesa attuale ed eseguiti in vista del giubileo del 1475, furono certamente di un certo rilievo, ma lasciarono la chiesa nellŽorientazione primitiva. In quella occasione la chiesa fu insignita del “Titulus Cyriaci”, proveniente dalla chiesa di San Ciriaco in Thermis (i qui resti furono ritrovati sotto il Ministero delle Finanze), oramai diruta. Nel 1584, il sagrato della chiesa, davanti al portico, si era fortemente ristretto e la nuova viabilità (risanamento della Suburra e del quartiere Alessandrino negli anni 1582-1584) mise in evidenza la necessità di ribaltare lŽorientamento della chiesa. Sotto Gregorio XIII (Ugo Boncompagni – 1572-1585), il cardinale titolare Alessandro deŽ Medici (1535-1605), futuro Leone XI, diede incarico a Giacomo Del Duca (1520-1604) di ristrutturare e invertire lŽorientamento della chiesa. A questo fine, lŽabside fu tagliata nel centro, in modo da ricavarne una superfice centrale piana, adatta alla nuova facciata e furono aperti due ingressi, ai lati dellŽabside tronca. Pur avendo modificato lŽingresso della chiesa, portandola su via Tor deŽ Conti, lŽimpianto liturgico della stessa era rimasto immutato, lŽaltare maggiore tra i due ingressi laterali, anche se protetto dalle parti residue dellŽabside. Nel 1606, sotto Paolo V (Camillo Borghese – 1605-1621), interviene lŽinnalzamento del pavimento della chiesa di 4 m, sorretto da volte che permettono, ancora oggi lŽaccesso alla parte inferiore (che ospita, attualmente, il museo del presepio), a soluzione definitiva dei problemi di umidità e di viabilità. Infatti, questo innalzamento permise il reinterro della parte inferiore della chiesa, per la sistemazione definitiva di via Tor deŽ Conti e fu lŽoccasione (1608), scelta dal rettore del convento, Bernardino Lapparini, di ribaltare anche la funzione liturgica, portando lŽaltare maggiore dove prima era il primitivo ingresso della chiesa. Urbano VIII (Maffeo Barberini – 1623-1644) restaurò la chiesa nel 1630 e, nel 1728, Benedetto XIII (Pier Francesco Orsini – 1727-1730) dette alla chiesa un assetto definitivo, rifacendo la facciata per opera di Filippo Raguzzini (1690-1771). Nel 1716 un incendio mandò in fumo gran parte dellŽarchivio parrocchiale. Nel 1722, Innocenzo XIII (Michelangelo Conti – 1721-1724) concedette la chiesa ai frati Domenicani del convento di S. Marco a Firenze. Tra il 1750 e il 1753, sotto Benedetto XIV (Prospero Lorenzo Lambertini – 1740-1758), fu eretto il convento, a destra della chiesa (in angolo tra via Tor deŽ Conti e via della Madonna dei Monti) che, espropriato durante lŽoccupazione francese (1798-1799), restò fino ai nostri giorni in mano privata (il campanile medievale rimase in questa parte del complesso).
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