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Durante gli scavi, effettuati nel 1999 in previsione del giubileo dell’anno 2000, furono trovate alcune sepolture eseguite nell’incavo di un collettore, attinente l’insula oramai abbandonata, risalenti agli inizi del IV secolo d.Ch. ed altre sei, altomedievali, lungo i canali di scolo attinenti all’abside.
Nel corso del IV secolo d.Ch., viene edificato, su parte dei resti dell’insula, un edificio con aula absidata al pianoterra di cui i ruderi attuali fanno parte. Nell’edificio si racconta che il papa Agapeto I (535-536), abbia iniziato a radunare la collezione dei libri e dei documenti attinenti la letteratura e la storia del primo cristianesimo, coadiuvato, da Cassiodoro (485-580), il dotto primo ministro di Teodorico (493-526). La Biblioteca è citata da Cassiodoro nella sua opera “Institutiones divinarum et saecularium litterarum”.
L’edificio, venuto in disuso, fu oggetto di spoliazione di materiali riutilizzabili ed, in seguito, di attività produttive legate alla produzione di calce e di ceramica.
Agli inizi del XVII secolo, all’interno dei lavori di sistemazione e restauro del complesso di San Gregorio, il cardinale Scipione Caffarelli Borghese (1577-1633), si servì dell’opera di Flaminio Ponzio (1560-1613) per la sistemazione dei tre oratori dei Santi Andrea, Barbara e Silvia (Vedi piazza di San Gregorio – album “Chiesa di Sant’Andrea e Suore della Carità” – Monti), e dei resti della “Biblioteca Agapeti”. La grande aula absidata a cielo aperto, venne rivalutata come testimonianza storico-monumentale e collegata con il complesso di San Gregorio. Il portale d’ingresso sul Clivus Scauri, con stemma del cardinale Borghese, fa parte di questi lavori.
Segue un lungo periodo di abbandono durante il quale si depositarono, nel tempo, strati di terra che, dagli studi eseguiti, risultano databili dall’epoca romana fino al XIX secolo.
Nei primi decenni del XX secolo ci fu un intervento di consolidamento delle murature in elevazione (con la chiusura di alcune finestre) e fu eseguita una pavimentazione in basolato direttamente sugli apporti di terra depositata, di cui sopra.
In seguito, fino agli anni 80-90, l’aula fu occupata da una falegnameria cui la Soprintendenza Archeologica di Roma impose lo sgombero per il recupero dell’area archeologica, sulla quale fece eseguire (1999) uno studio archeologico accurato, dopo l’eliminazione della pavimentazione in basolato. Per l’anno giubilare 2000 la “Biblioteca Agapeti” ha assunto l’aspetto che vediamo oggi.
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