Nel 1718, forse dal cardinale titolare (1699-1719) Fabrizio Paolucci (1651-1726), il colonnato fu incamerato da possenti pilastri in muratura e furono aggiunti quattro archi trasversali per consolidare la stabilità della chiesa. Solo sedici colonne, con capitelli medievali compositi, rimasero in vista a sorreggere i residui quattro archi laterali. Il presbiterio, in mancanza di transetto, invade l’ultima campata della chiesa ed è delimitato da una balaustra. Sopra i quattro archi ci sono quattro finestre rettangolari largamente insufficienti ad illuminare l’interno della chiesa. Per questo motivo sono stati aggiunti un numero impressionante di lampadari che pendono dal soffitto. Le pareti interne sono state ridipinte in imitazione di marmi policromi nel 1911. Il pavimento, in stile cosmatesco del XIII secolo, è stato modificato in più punti, soprattutto nell’area absidale. Il soffitto ligneo a cassettoni fu messo in opera nel 1598 e, nel grande cassettone centrale, ha le figure dei SS Giovanni e Paolo in bassorilievo accompagnate dalla scritta “VERE GERMANI” (veramente fratelli). Negli altri centri ottagonali del soffitto si trova l’araldica del cardinale titolare (1595-1598) Agostino Cusani senior (1542-1598) che lo realizzò.
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