Negli adattamenti della basilica conseguenti alla realizzazione della cappella Sistina operati da Carlo Fontana (1638-1714) nel 1595, le disomogeneità furono eliminate sia nell’altezza delle colonne, sia nei diametri, anche se l’impianto medievale dell’edificio rimase intatto. Due elementi modificarono, nel tempo, i due colonnati: nel XII secolo, la realizzazione dei due campanili all’inizio delle navate laterali (nelle fondamenta dei quali furono inglobate due colonne per parte e di cui rimane solo il campanile destro ricostruito nel XIV secolo) e, nel 1611, l’avvenuto inserimento delle grandi cappelle Sistina e Paolina che comportò l’allargamento del passo delle arcate in corrispondenza dei rispettivi ingressi. I colonnati sorreggevano e sorreggono una trabeazione ornata oggi con volute vegetali, sopra la quale permangono una serie continua di mosaici del XIII secolo (vedi album corrispondente). Sopra i mosaici, nella chiesa medievale, erano posizionate una serie di finestre a tutto sesto, in asse con le campate del colonnato che, nel 1593, il cardinale arciprete della basilica (1587-1611) Domenico Pinelli (1541-1611) ridusse alla metà tamponando alternativamente le finestre e facendone il supporto di affreschi che raccontano la vita della Madonna (vedi album corrispondente).
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