Gli affreschi che si sono conservati in questa navata sono localizzati, nel corridoio largo, nei punti in cui, nel IX secolo, furono rinforzate le colonne settima e quinta (a partire dal nartece) per aumentarne la portanza con tratti di muratura. Su questi due muri si trovano, rispettivamente “La storia di Sant’Alessio” e “La messa di San Clemente con la Storia di Sisinnio” (IX sec.). Ai piedi del pilastro di giunzione dell’abside antica con il colonnato destro della basilica del IV secolo (in fondo al corridoio stretto) si ipotizza il deposito originario del corpo di San Cirillo, convinzione senza prove archeologiche ma con il conforto di un affresco nel quale si sarebbe riconosciuta l’immagine del Santo.
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