Le navate laterali, molto più strette della navata centrale, sono dotate ambedue di abside e sono coperte con volte a crociera. Le diciotto antiche colonne di reimpiego che separano la navata centrale dalle laterali sono di granito e sorreggono capitelli corinzi di varia provenienza. La chiesa è illuminata da cinque finestre per lato, poste nella parete superiore della navata centrale che presenta affreschi di finto marmo realizzati nel 1876 da Alessandro Mantovani (1814-1892) e Luigi Roncati (1845-1913). Il fregio finale, che presenta degli efebi che abbeverano dei leoni, è opera di Piero di Giovanni Bonaccorsi (1501-1547) detto Pierin del Vaga su disegno di Giulio Romano (c.1492-1546). Il pavimento, rifatto nel 1957, mostra, al centro, l’araldica del cardinale titolare (1953-1979) Alfredo Ottaviani (1890-1979).
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