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In assenza di notizie certe, si può ragionevolmente pensare che, intorno all’anno 1088, la chiesa fosse officiata da monaci greci fuggiti dall’impero bizantino in seguito alla persecuzione iconoclasta.
L’Ordine dei Trinitari, fondato, nel 1108, da S. Giovanni de Matha (1154-1213) e S. Felice de Valois (1127-1212), che si era diffuso già in Francia ed in Spagna, fu approvato da Innocenzo III (Lotario dei conti di Segni – 1198-1216) nel 1198 e, lo stesso papa, nel 1209, assegnò a quest’Ordine la chiesa e il convento di San Tommaso in Formis (“formam Claudiam”).
Il Santo fondatore vi costruì un ospedale che accogliesse gli infermi, i pellegrini e gli schiavi riscattati per prepararli al ritorno nelle famiglie d’origine e, probabilmente, fondò un Ordine Trinitario di suore, per l’assistenza ai malati. Il monastero delle suore si trovava a sinistra dell’ospedale, quello dei monaci a destra e comprendeva le costruzioni a ridosso dell’arco di Dolabella, sulla cui sommità era la cella di San Giovanni de Matha, dove il Santo morì, che, trasformato in cappella, tuttora si conserva.
Il possesso dei Trinitari del complesso di San Tommaso in Formis con tutti i diritti, i beni e le chiese dipendenti, fu confermato (1217) da Onorio III (Cencio Savelli – 1216-1227) e da Urbani IV (Jacques Pantaleon – 1261-1264) che, per proteggere l’Ordine ed i suoi beni in un momento di grande contesa del territorio intorno al Colosseo tra i Frangipani e gli Annibaldi, nominò un cardinale protettore dell’Ordine (1261), il cardinale Riccardo Annibaldi (c.1205-1276), con la clausola che l’Ordine cedesse al “protettore” una parte dei redditi del monastero in cambio della sua protezione, ma non gli dava facoltà di alienare i beni o di trasferirli ai nipoti.
Nel 1305, il Papato si sposta ad Avignone (1309-1378) ed abbandona Roma al dominio dei Baroni (Orsini, Annibaldi, Colonna, Conti, Savelli) ed a continue contese tra gli Orsini ed i Colonna.
È il periodo in cui il disordine regna a Roma durante il quale ogni sopruso, ai danni di privati e di enti religiosi, diviene pratica quotidiana.
Di fronte a tale situazione, i monaci di San Tommaso, che subivano pressioni ed angherie, fecero ricorso a Giovanni XXII (Jacques Duèse – 1316-1334), ad Avignone e, più tardi, a Urbano V (Guillaume de Grimoard – 1362-1370) ed a Gregorio XI (Pierre Roger de Beaufort – 1370-1378) senza nessun risultato.
Nel 1348, la peste a Roma decimò il numero dei Trinitari che assistevano gli infettati nell’ospedale.
Nel 1377, il ritorno di Gregorio XI (Pierre Roger de Beaufort - 1370-1378) a Roma non portò ai Trinitari i benefici dell’aspettata rappacificazione dell’Urbe, perché il loro superiore, Jean de la Marche (1374-1392), francese, essendo favorevole all’antipapa Clemente VII (Roberto di Ginevra - 1378-1394) fu sostituito (1379), dal papa Urbano VI (Bartolomeo Prignano - 1378-1389), da un Commendatario, il cardinale Poncello Orsini (c.1335-1395), avente gli stessi poteri del superiore deposto, con il diritto di prendere per se parte dai proventi dell’Ordine, pur con l’obbligo di mantenere in funzione l’ospedale con il numero dei monaci occorrenti.
Nel 1381, lo stesso papa, con la bolla “Decens deputamus”, nominò il cardinale Poncello Orsini in una terna di suoi pari che aveva il compito di reperire fondi a beneficio della Chiesa impegnata nella lotta contro lo scisma d’occidente, dando loro ampie facoltà di “alienare, locare, pignorare i beni immobili di chiese, monasteri e luoghi pii di Roma senza che fosse necessario il consenso dei proprietari”.
Il cardinale Orsini dispose in priorità dei beni dei Trinitari, i quali, non avendo più nessuna certezza sul loro divenire, lasciarono Roma.
Nel 1395, alla morte del cardinale Orsini, la proprietà della chiesa e dell’ospedale di San Tommaso passarono al Capitolo Vaticano per Bolla di papa Bonifacio IX (Pietro Tomacelli - 1389-1404).
Il Capitolo effettuò, all’inizio del suo mandato i restauri necessari ed affidò il complesso a guardiani laici, l’ospedale fu adibito a fienile.
Per molto tempo il complesso (chiesa, ospedale e monastero) fu lasciato cadere: nel 1485, vi stanziarono truppe mercenarie, probabilmente destinate al sostegno della congiura di Napoli contro Ferdinando I (1458-1494); nel 1504, il Capitolo cominciò ad affittarlo; tra il 1522 e il 1527, durante l’epidemia di peste, l’ospedale fu convertito in lazzaretto.
Dall’anno successivo la Camera inizia ad affittare a cominciare da don Pedro Vetiz, chierico della diocesi di Pamplona che portò a termine notevoli miglioramenti e che, in seguito alla Bolla di Pio V (Antonio Michele Ghislieri – 1566-1572), del 1571, che restituiva ai Trinitari l’intero complesso con i diritti, i possedimenti e i redditi, accettò di lasciare i luoghi a condizione che gli fossero rimborsate le spese da lui sostenute.
Il 30 aprile 1572, i Trinitari, guidati dal procuratore generale, il padre Gabriele Tavares, presero possesso del complesso di San Tommaso.
Ma, con la morte di Pio V (1572), il Capitolo tornò alla carica per il possesso di San Tommaso in Termis ed i tribunali ebbero a trattare della disputa, dando alternativamente ragione agli uni ed agli altri.
Nel 1590, il Capitolo rientrò in possesso dei beni, poi fu la volta dei Trinitari, nel 1605, che li perdettero di nuovo nel 1616.
Il Capitolo, nei momenti di possesso continuava ad affittare a svariati personaggi e così fece con il marchese Giacomo Mattei che, nel 1553, aveva acquistato l’intera circostante villa Celimontana.
Il Generale dei trinitari presentò formale protesta che rinnovò nel 1700, senza risultato.
Nel 1655, due fratelli Trinitari, constata la precaria condizione della tomba del loro fondatore, Giuseppe de Matha, ne trafugarono la salma e la portarono a Madrid.
Quando, nel 1820, i Mattei vendettero la villa Celimontana a don Manuel Godoy (1767-1851), nobile spagnolo, detto principe della Pace, il Capitolo gli vendette l’intero complesso di San Tommaso in Formis che venne così a far parte della villa Celimontana.
La villa cambiò proprietario più volte passando dal Godoy al marchese Stefanoni nel 1843; alla principessa dei Paesi Bassi nel 1856 ed in ultimo al barone von Hoffman, austriaco, che ne fu espropriato dallo Stato, dopo la prima guerra mondiale (1915-1918), che la donò al comune di Roma perché la destinasse a pubblico passeggio.
Arrivati ai giorni nostri, resta sul tavolo la promessa del Comune di Roma che si è impegnato a restituire il complesso di San Tommaso in Formis ai Trinitari, una volta che la stazione sperimentale di chimica agraria, che attualmente occupa gli stabili, avrà trovato una buona sistemazione altrove.
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