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Nel 1958, durante i lavori di scavo della nuova cripta, sotto l´altare maggiore, si trovarono due ambienti rettangolari con lo stesso orientamento di quelli trovati negli anni precedenti e se ne dedusse facessero parte dello stesso acquartieramento.
Della chiesa primitiva, paleocristiana, non si trovò traccia e se ne dedusse l’ipotesi che la prima diaconia di Roma avesse occupato ambienti pubblici preesistenti, forse proprio quelli della V coorte.
Una ipotesi, tra le più probabili, sull’origine del patronimico della chiesa, “in Domnica”, è dato dal personaggio di Dominica, moglie del prefetto urbano di Roma Iohannes, che per una specifica divergenza teologica con il marito (la natura del Cristo e la conseguenza sul titolo di “Madre di Dio” attribuita alla Madonna dal secondo concilio di Costantinopoli - 451) risiedeva lontana dal marito a Ravenna come eretica. In una lettera di papa Gregorio Magno (590-604), a lei indirizzata, nel 597, il papa si felicita con Dominica per essersi convinta a rientrare nei canoni della chiesa di Roma ed a ricongiungersi con il marito. Si crede che, al suo rientro a Roma, Dominica abbia voluto celebrare il suo pentimento con il dedicare alla Madonna questa chiesa di Roma che risulterebbe risalente al VI-VII secolo.
Nell´819, Pasquale I (817-824) abbandonò l´antica chiesa e ne fece costruire una nuova, quale essenzialmente si trova ancora oggi.
In particolare il mosaico dell´abside è rimasto quello di Pasquale I, il quale è raffigurato nello stesso mosaico, inginocchiato davanti alla Madonna, nell´atto di baciarle il piede, con aureola quadrata e non circolare perché al momento era ancora vivente. La chiesa era allora officiata da monaci orientali fino al 1340 quando questi furono sostituiti da Benedettini Olivetani.
Secondo documenti, recentemente presi in considerazione (Volume 556 della Reverenda Fabbrica - che parla interamente della chiesa in questione) i lavori, attribuiti al cardinale titolare (1492-1513) Giovanni de´ Medici sarebbero stati eseguiti solo dal 1513, dopo essere stato eletto papa.
Leone X (1513-1521), quindi, fece eseguire un importante restauro, facendo rinnovare la facciata, arricchita da un nuovo portico, in sostituzione di quello medievale, ad opera di Andrea Contucci detto il Sansovino (1460-1529) e, nel 1565-1566, il cardinale titolare (1565-1585) Ferdinando de’ Medici (1549-1609) restaurò il soffitto ligneo della navata centrale.
Gli stemmi posti sul timpano della chiesa sarebbero quindi un falso storico, commesso da Leone X, per esaltare il suo operato da cardinale!
Paolo V (1605-1621) concesse la chiesa a dei Canonici Prebendari.
Nel 1734, Clemente XII (Lorenzo Orsini – 1730-1740) affidò la chiesa e la diaconia ai monaci Melchiti, che resteranno fino al 1932, quando la chiesa divenne parrocchia.
Nel 1820, Pio VII (Bernardo Nicolò Chiaromonti – 1800-1823) volle il restauro completo della chiesa, essendone titolare (1823-1837) il cardinale Riario Sforza (1782-1857).
Nel 1920-1930, furono realizzati gli affreschi degli altari laterali, in cima alle navate destra e sinistra, ad opera di Gisberto Ceracchini (1899-1982) e nel 1957, viene creata, ex novo, una cripta sotto l´altare maggiore.
Dal luglio 2003 è affidata alla cura pastorale della Fraternità Sacerdotale dei Missionari di san Carlo Borromeo.
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