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Quando Totila occupò Roma (546 e 549) i Goti ebbero il loro quartiere militare nell'antica città che si stendeva a sud-est del Celio e sull'Esquilino circa "ad duos lauros" e fecero diventare chiese nazionali Santa Agata e San Severino "iuxta domum Merulanam regione III".
Sconfitti da Narsete, Gregorio Magno (590-604) la restituì al culto cattolico consacrandola nuovamente.
Nel secolo VIII, Santa Agata aveva annesso un monastero che vi restò fino al XVI secolo, quando la diaconia, diventata collegiata (1567), fu data, da Pio V (Antonio Michele Ghislieri – 1566-1572) agli Umiliati, che però furono poco dopo soppressi per l'attentato compiuto su san Carlo Borromeo (1538-1584) in reazione alle riforme (Controriforma) concretate insieme al Pontefice.
Nel 1579 vi entrarono i benedettini di Montevergine, che affidarono la costruzione dell’attuale facciata a Francesco Ferrari (inizio XVIII sec.).
Fu restaurata nel 1637 dai cardinali Francesco (1597-1679) e Antonio (1608-1671) Barberini.
Nel 1644 vi fu istituito un collegio per gli abitanti di Città di Castello (i Tifernati), finché Pio IX (Giovanni Maria Mastai Ferretti - 1846-1878) la concesse al Collegio irlandese e, nel 1927, fu assegnato, da Pio XI (Achille Ratti - 1922-1939), ai padri Stimmatini.
Oggi, uffici della Banca d’Italia hanno preso il posto del monastero, di cui resta solo una traccia negli edifici ai lati della facciata.
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