Nel 1256, avvenne il miracolo dell´immagine della Madonna su tegola, che emerse dal pozzo del cardinale Capocci e, su sollecitazione di questi, Alessandro IV (Rinaldo di Jenne – 1254-1261) trasformò la stalla ed il pozzo in cappella (staccata, ma molto vicina alla chiesa medievale, divenuta parrocchia, dipendente dalla chiesa di S. Marcello al Corso). Tra il 1491 e il 1513, Innocenzo VIII (Giovanni Battista Cybo – 1484-1492) fece costruire una nuova chiesa e, al termine dei lavori, Leone X (Giovanni dei Medici – 1513-1521) la concesse all´Ordine dei Servi di Maria. Nel 1585, i Servi di Maria, avendo in animo la costruzione di un convento per i loro bisogni, iniziarono la costruzione di una nuova chiesa, che inglobasse la cappella della Madonna del Pozzo, e il convento, terminando i lavori solo nel 1594. Per questo si avvalsero dell´opera di Giacomo della Porta (1533-1602) e di Francesco Capriani (1535-1594), da Volterra. Nel 1592, Giovanni Battista Canobi (1533-1596), primo segretario di Gregorio XIII (Ugo Boncompagni – 1572-1585) e di Clemente VIII (Ippolito Aldobrandini – 1592-1605), finanziò il rifacimento della facciata, iniziata da Giacomo della Porta e poi da Francesco Capriani. Alla morte del Canobi (1596), il cui monumento funebre è nella chiesa (vedi), su iniziativa del cardinale titolare, Roberto Bellarmino (1542-1621), ripresero i lavori sulla facciata, con Giacomo della Porta, terminati poi da Carlo Rainaldi (1611-1691) solo nel 1681. Alla sistemazione interna della chiesa aveva contribuito (1609) un suo parrocchiano, Carlo Francesco Lambardi (1545-1619) , il cui monumento funebre è pure nella chiesa (vedi), membro della Confraternita del SS Sacramento, fondata nel 1576, con sede nella chiesa stessa e quindi nell´Oratorio della medesima in Piazza Poli (Vedi: Piazza e via Poili – Trevi). Nel XIX secolo l´interno della chiesa fu restaurato da Virginio Vespignani (1808-1882). Nel 1897, in seguito all´apertura di via del Tritone, che causò la demolizione dell´isolato contiguo alla chiesa (lato nord), fu rifatta la facciata su quel lato dall´architetto Mazzolini, mentre il convento e il chiostro, dal lato opposto, furono demoliti nel 1930.
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