La prima menzione della chiesa è in una bolla, di Urbano II (Odon de Lagery - 1088-1099) con l'appellativo “ex Praefectis”, quindi di Papa Urbano III (Uberto Crivelli – 1185-1187), che, nel 1186, parla di un litigio tra le suore di Santa Maria in Campo Marzio e i sacerdoti responsabili della chiesa. É poi nominata, circa nel 1193, da Cencio Camerario (1150-1227), che sarà poi papa con il nome di Onorio III (Cencio Savelli - 1216-1227). Nel 1524, vi dimorarono anche i Teatini che, nella casa da loro abitata nella via Leonina (Ripetta), erano privi di Chiesa, ma l’abbandonarono per il sacco di Roma del 1527. Seguì un periodo di abbandono. L'ebbero i Domenicani di Santa Sabina, da Pio V (Antonio Michele Ghislieri - 1566-1572), nel 1567, i quali, tra il 1582 e il 1780, restaurarono la chiesa, completandone la facciata, e la casa annessa. Sotto Benedetto XIII (Pietro Francesco Orsini - 1724-1730), la chiesa fu restaurata e ne fu rinnovato l’ornamento interno. Giacomo Triga (1674-1746) dipinse sulla volta “La Gloria di San Nicola”. Con bolla del 1824, Leone XII (Annibale Clemente della Ghenga – 1823-1829) soppresse la parrocchia e pose la chiesa sotto la tutela di quella di San Lorenzo in Lucina. Nel 1848, i Domenicani lasciarono la chiesa alla Confraternita del Santissimo Crocifisso Agonizzante, l’Ordine dei Gesuiti, la officiò, fino al 1891. Nel 1873, il Regno d’Italia confiscò il complesso, ma, già nel 1827, gli Oblati Missionari di Maria Immacolata poterono occuparlo e vi risiedono tuttora.
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